Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ggagcaggaaggtattccagccgacggaatcacgttcgtgagcgtcctggttgcttgcagccatacttcactggtggctgattgttgagatttcttccagTCTTTGATGATGGACCACGGGGTGGTACCATTGGTGGAGCACTACCTTTGCATGGTGGACGTCCTGGGCCGCTCGGGAAGACTGGGAGATGCCGAAGAGC
Basic information
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ06068 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.cctggttgcttgcagccatacttcactggtggctgattgttgagatttcttccagTCTTTGATGATGGACCACGGGGTGGTACCATTGGTGGAGCACTACCTTTGCATGGTGGACGTCCTGGGCCGCTCGGGAAGACTGGGAGATGCCGAAGAGC
ggctgat putative branch site (score: 4)
tttcttcc putative PPT
atttctt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ggagcaggaaggtattccagccgacggaatcacgttcgtgagcgtcctggttgcttgcagccatacttcactggtggctgattgttgagatttcttccagTCTTTGATGATGGACCACGGGGTGGTACCATTGGTGGAGCACTACCTTTGCATGGTGGACGTCCTGGGCCGCTCGGGAAGACTGGGAGATGCCGAAGAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- agcagga
- - - - - - - - - - - - - - - - -gttcgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgattg