Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aatattggctagaattttatgtgacttttgatgacattgtacaattgcattatggtggttgagtattctggaatgaataatacaatgtagtatggtgcagGTATTCTGACTGTCCACATTGCTTTTGGACTGGATATTTTACAAGTAGACCAGCACTCAAGGGTTATGTGCGGAAGTTGTCTGCGTTACTTCAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S77_136V6.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162197664|gb|FC374498.1|FC374498
EST:     GTTCATGCGGCAAATGCAACATGGCATTTAAAAACAGATGATTACTTCCC                         GTATTCTGACTGTCCACATTGCTTTTGGACTGGATATTTTACAAGTAGACC
genomic: GTTCATGCGGCAAATGCAACATGGCATTTAAAAACAGATGATTACTTCCCgtaaggctca ... tatggtgcagGTATTCTGACTGTCCACATTGCTTTTGGACTGGATATTTTACAAGTAGACC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcattatggtggttgagtattctggaatgaataatacaatgtagtatggtgcagGTATTCTGACTGTCCACATTGCTTTTGGACTGGATATTTTACAAGTAGACCAGCACTCAAGGGTTATGTGCGGAAGTTGTCTGCGTTACTTCAA
                          aatgaataatacaat  TA-rich tract