1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tgtgctagattgtgataaccctaggtttgatgattctctacagaaaacatatgtaatcttcttgttcgtaagtcatacttgtgatttcgtgacactgcagGATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATGGCAAGCATGGTAGCAGTTGGTGGAGGTCCTGTTGTTGCAGCTGGGTAGC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S69_103V6.3 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCAAGTGGGGGGCTTGCAGCATAGCCTAGAGAATGTCTCTCAAGTGGCG GATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATGEST: gi|162193633|gb|FC371238.1|FC371238
genomic: ACCAAGTGGGGGGCTTGCAGCATAGCCTAGAGAATGTCTCTCAAGTGGCGgtaggctatc ... gacactgcagGATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATG
EST: ACCAAGTGGGGGGCTTGCAGCATAGCCTAGAGAATGTCTCTCAAGTGGCG GATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATGEST: gi|162273741|gb|FC449464.1|FC449464
genomic: ACCAAGTGGGGGGCTTGCAGCATAGCCTAGAGAATGTCTCTCAAGTGGCGgtaggctatc ... gacactgcagGATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATG
EST: ACCAAGTGGGGGGCTTGCAGCATAGCCTAGAGAATGTCTCTCAAGTGGCG GATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATGEST: gi|162181522|gb|FC358136.1|FC358136
genomic: ACCAAGTGGGGGGCTTGCAGCATAGCCTAGAGAATGTCTCTCAAGTGGCGgtaggctatc ... gacactgcagGATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATG
EST: ACCAAGTGGGGGGCTTGCAGCATAGCCTAGAGAATGTCTCTCAAGTGGCG GATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATG
genomic: ACCAAGTGGGGGGCTTGCAGCATAGCCTAGAGAATGTCTCTCAAGTGGCGgtaggctatc ... gacactgcagGATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATG
aacatatgtaatcttcttgttcgtaagtcatacttgtgatttcgtgacactgcagGATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATGGCAAGCATGGTAGCAGTTGGTGGAGGTCCTGTTGTTGCAGCTGGGTAGC
atgtaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtgctagattgtgataaccctaggtttgatgattctctacagaaaacatatgtaatcttcttgttcgtaagtcatacttgtgatttcgtgacactgcagGATGTACAGATGGGAATCCAACAGAGGGAAGTGGACGAACAGAAGAGCATGGCAAGCATGGTAGCAGTTGGTGGAGGTCCTGTTGTTGCAGCTGGGTAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG