Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtaatgtctaatggttaattgttacgttcatgaactacaagctccttgatttaggctggtcttccttcacaattcttatatctgacaatctactattttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGGATTGTCGATTCGGTATCGTGTCGATGTGTATTGGATCTGGTATGGGAGC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S55_275V6.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S55_275V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA10G24590.2 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtgagtaatgtctaatggttaattgttacgttcatgaactacaagctccttgatttagg-ctggtcttccttcacaattcttatatctgacaatctactattttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGGATTGTCGATTCGGTATCGTGTCGATGTGTATTGGATCTGGTATGGGAGC
     |      | ||  |||     |    |  | || ||| |      ||||  ||| | || | | |||      |  ||    ||    || | | ||||   | |||||| |||||    |||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||| ||  |  | || ||||| || |                
-----tggaacatgattattatcacctgtacttctcaaataccaa-----tgatacagggcagggcattcttattgtcttctaagcatgtttttcaatttttttcg-gtagGTGCTCGATGTGTTGCAACTCTGTTGCATGAAATGAAGAAACGTGGCAGGGACTGTCGATTTGGAGTTATATCTATGTGCATAG----------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208361705|gb|DC954139.1|DC954139
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|18335020|gb|BJ167038.1|BJ167038
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|67699972|gb|BJ960205.1|BJ960205
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|162233183|gb|FC409006.1|FC409006
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGAGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|18334159|gb|BJ166175.1|BJ166175
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|162211009|gb|FC387315.1|FC387315
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGAGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|162211010|gb|FC387316.1|FC387316
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGAGGNCA-G
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGG-CAAG
EST: gi|208379163|gb|DC927306.1|DC927306
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|37826209|gb|BJ584221.1|BJ584221
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|67700189|gb|BJ960422.1|BJ960422
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|37837486|gb|BJ595494.1|BJ595494
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
EST: gi|67724200|gb|BJ974459.1|BJ974459
EST:     GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAG                         GTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG
genomic: GAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 29 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 7

TCACAGTTCACATACTGTGCTCAAGAGCTGGGACTAGATGAAGAGAAGGTGAATGTGAATGGAGGTGCTATGGCTCTTGGTCATCCTCTTGGTGCCACAGgtgagtaatg ... tttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGGATTGTCGATTCGGTATCGTGTCGATGTGTATTGGATCTGGTATGGGAGC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taggctggtcttccttcacaattcttatatctgacaatctactattttgatgcagGTGCACGATGCACGGCAACTCTCTTGCACGAGATGAAGAAACGTGGCAAGGATTGTCGATTCGGTATCGTGTCGATGTGTATTGGATCTGGTATGGGAGC
                                         ctatttt  CT-rich tract
                   aattcttatat  TA-rich tract