1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaagaattgttataagaaaaaaagtatggtattttatctatctatttatttatttgtactagttaagatattggatcatgtacaacttctatttcaaatatctggacagatcttcacctatgttggcctaacttggatgcagCACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGCTGCTGGCAAGAAGGAAGTCGAAGAAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S35_49V6.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGGCTCTCCCCGACGTTGTGGTGGCCAAGGTGATGTGCTTTCTGGCAG CACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGCEST: gi|67697637|gb|BJ957870.1|BJ957870
genomic: TATGGCTCTCCCCGACGTTGTGGTGGCCAAGGTGATGTGCTTTCTGGCAGgtaagaattg ... ttggatgcagCACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGC
EST: TATGGCTCTCCCCGACGTTGTGGTGGCCAAGGTGATGTGCTTTCTGGCAG CACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGCEST: gi|162264668|gb|FC441666.1|FC441666
genomic: TATGGCTCTCCCCGACGTTGTGGTGGCCAAGGTGATGTGCTTTCTGGCAGgtaagaattg ... ttggatgcagCACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGC
EST: TATGGCTCTCCCCGACGTTGTGGTGGCCAAGGTGATGTGCTTTCTGGCAG CACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGCEST: gi|67578895|gb|BJ951062.1|BJ951062
genomic: TATGGCTCTCCCCGACGTTGTGGTGGCCAAGGTGATGTGCTTTCTGGCAGgtaagaattg ... ttggatgcagCACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGC
EST: TATGGCTCTCCCCGACGTTGTGGTGGCCAAGGTGATGTGCTTTCTGGCAG CACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGC
genomic: TATGGCTCTCCCCGACGTTGTGGTGGCCAAGGTGATGTGCTTTCTGGCAGgtaagaattg ... ttggatgcagCACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGC
tctatttcaaatatctggacagatcttcacctatgttggcctaacttggatgcagCACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGCTGCTGGCAAGAAGGAAGTCGAAGAAAG
gcctaac putative branch site (score: 5)
ttcaaatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagaattgttataagaaaaaaagtatggtattttatctatctatttatttatttgtactagttaagatattggatcatgtacaacttctatttcaaatatctggacagatcttcacctatgttggcctaacttggatgcagCACTGCCGTTTTTGTGTCCTGGGCCAAAGAATATTTTAGCAATGAGAATGCTGCTGGCAAGAAGGAAGTCGAAGAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA