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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaaatctcaaatatttttcaatttctagttggtagaggatttttgaaaattatgttgtaacgtttttcgatttaacgaaatcaatttgcttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGATGAGAAACGGGTCAGTAAGATTGTATTCATCGGCAGGAATCTAGATGAAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S31_130V6.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162156786|gb|FC333598.1|FC333598
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EST: gi|162197127|gb|FC372479.1|FC372479
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EST: gi|162157523|gb|FC333781.1|FC333781
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162242561|gb|FC419216.1|FC419216
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162253296|gb|FC428890.1|FC428890
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|208374619|gb|DC948619.1|DC948619
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|208351971|gb|DC925780.1|DC925780
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EST: gi|162151813|gb|FC328059.1|FC328059
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|18338140|gb|BJ170164.1|BJ170164
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|67725452|gb|BJ975711.1|BJ975711
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EST: gi|162184554|gb|FC360028.1|FC360028
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162195572|gb|FC371873.1|FC371873
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162190694|gb|FC367580.1|FC367580
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|37831922|gb|BJ589934.1|BJ589934
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162162261|gb|FC338043.1|FC338043
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EST: gi|162159886|gb|FC336139.1|FC336139
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162161773|gb|FC338213.1|FC338213
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162178673|gb|FC354462.1|FC354462
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162155636|gb|FC331561.1|FC331561
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162176070|gb|FC351864.1|FC351864
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162166550|gb|FC343247.1|FC343247
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|208373025|gb|DC948790.1|DC948790
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162187276|gb|FC363226.1|FC363226
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162155637|gb|FC331562.1|FC331562
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|37827407|gb|BJ585419.1|BJ585419
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
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EST: gi|162162411|gb|FC339168.1|FC339168
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162162262|gb|FC338044.1|FC338044
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162156094|gb|FC332261.1|FC332261
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162178674|gb|FC354463.1|FC354463
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|208356256|gb|DC946262.1|DC946262
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162157524|gb|FC333782.1|FC333782
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162190693|gb|FC367579.1|FC367579
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|15730164|gb|BI741708.1|BI741708
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|208364862|gb|DC943680.1|DC943680
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162156093|gb|FC332260.1|FC332260
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTGGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162269789|gb|FC445657.1|FC445657
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
EST: gi|162269788|gb|FC445656.1|FC445656
EST:     CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAG                         GGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT
genomic: CAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 32 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 14

CAACTGGTTGGAAAGCGTTATCGATGAACGCAGTGAGGAAATATATCGGGCAAAGGGTGTTCTATCAATTGATGGTTGGGACGAAAGATTTGTATTTCAGgtgggcaatc ... ttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGATGAGAAACGGGTCAGTAAGATTGTATTCATCGGCAGGAATCTAGATGAAA




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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaaattatgttgtaacgtttttcgatttaacgaaatcaatttgcttgattgcagGGTGTCCACGCTTTGCTCGAAGGTGCTCCAGAACGGAATTGGGGTCCTGATGAGAAACGGGTCAGTAAGATTGTATTCATCGGCAGGAATCTAGATGAAA
                                        tttgctt  CT-rich tract
                                 aaatcaattt  TA-rich tract