1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtaagttgtaaatattattcttactttagttaaattaaagttacttaattggatttagtactattaatatgtgaaagtcaccatgcttataaggtcatcaactcagctgctgcaattcatgttgcctcattctcaagtgtagcttttgaaccttgacttctttggcagGCTGTGTCTTGGAGCATGGACTGATCACGGTGAACGAACTGGAGGTTTCTATGCATGTAACCGTTATGAAACTGCCAAGCAAGAAGGCGTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S178_72V6.2 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCTGCATGCATATTACTTGCACACCACCTTGCAAATTTGAGTTTTGCTG GCTGTGTCTTGGAGCATGGACTGATCACGGTGAACGAACTGGAGGTTTCTAEST: gi|162175945|gb|FC352351.1|FC352351
genomic: GGCTGCATGCATATTACTTGCACACCACCTTGCAAATTTGAGTTTTGCTGgtaagttgta ... tctttggcagGCTGTGTCTTGGAGCATGGACTGATCACGGTGAACGAACTGGAGGTTTCTA
EST: GGCTGCATGCATATTACTTGCACACCACCTTGCAAATTTGAGTTTTGCTG GCTGTGTCTTGGAGCATGGACTGATCACGGTGAACGAACTGGAGGTTTCTA
genomic: GGCTGCATGCATATTACTTGCACACCACCTTGCAAATTTGAGTTTTGCTGgtaagttgta ... tctttggcagGCTGTGTCTTGGAGCATGGACTGATCACGGTGAACGAACTGGAGGTTTCTA
aattcatgttgcctcattctcaagtgtagcttttgaaccttgacttctttggcagGCTGTGTCTTGGAGCATGGACTGATCACGGTGAACGAACTGGAGGTTTCTATGCATGTAACCGTTATGAAACTGCCAAGCAAGAAGGCGTG
ccttgac putative branch site (score: 4)
cttcttt CT-rich tract
ttttgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttgtaaatattattcttactttagttaaattaaagttacttaattggatttagtactattaatatgtgaaagtcaccatgcttataaggtcatcaactcagctgctgcaattcatgttgcctcattctcaagtgtagcttttgaaccttgacttctttggcagGCTGTGTCTTGGAGCATGGACTGATCACGGTGAACGAACTGGAGGTTTCTATGCATGTAACCGTTATGAAACTGCCAAGCAAGAAGGCGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG