Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaacctcattcttccgtcttttaacgatgcattattttatatccttatgctgtgatttttatagattagagttttgaagttctcagcagccaatatttaattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAGAATACGGTCTGTTCTGTGATTACACAGGCCACT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S169_73V6.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162203186|gb|FC379283.1|FC379283
EST:     ATCCTACACTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGG                         GTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
genomic: ATCCTACACTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGGgtaagaacct ... aattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
EST: gi|162266559|gb|FC442790.1|FC442790
EST:     ATCCTACACTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGG                         GTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCANGTGTTTGCGCTATCANGACATGAG
genomic: ATCCTACACTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGGgtaagaacct ... aattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
EST: gi|37822469|gb|BJ580535.1|BJ580535
EST:     GGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGG                         GTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
genomic: GGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGGgtaagaacct ... aattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
EST: gi|162183680|gb|FC359908.1|FC359908
EST:     ATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGG                         GTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
genomic: ATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGGgtaagaacct ... aattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
EST: gi|162198130|gb|FC373080.1|FC373080
EST:     ATCCTACACTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGG                         GTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
genomic: ATCCTACACTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGGgtaagaacct ... aattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
EST: gi|67720614|gb|BJ970873.1|BJ970873
EST:     CTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGG                         GTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
genomic: CTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGGgtaagaacct ... aattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
EST: gi|162160838|gb|FC337660.1|FC337660
EST:     CTTGATA-TCTTATGACT-GTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGG                         GTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
genomic: CTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGGgtaagaacct ... aattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
EST: gi|208365406|gb|DC950873.1|DC950873
EST:     ATCCTACACTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGG                         GTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG
genomic: ATCCTACACTTGATATTCTTATGACTGGTGGTCGAGACTCAGTGTGTCGGgtaagaacct ... aattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatttttatagattagagttttgaagttctcagcagccaatatttaattgcacagGTATGGGATATGAGAACCAAGGCTCAGGTGTTTGCGCTATCAGGACATGAGAATACGGTCTGTTCTGTGATTACACAGGCCACT
                                         atttaat  putative branch site (score: 4)
                                      aatatttaattgca  TA-rich tract