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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtccctgatataagctacatttgctgaagctttctttcaaattcgatgtagtcaagttttaactagtccgctttactcaaagggctttcgtcaaagtcatgtaaattctatgtcttgttccaaatggctgaaagacaagtatgtgtgggatggtcgcagGATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAAAGCAGATTTTTTTTAGTAGTAATTTTGAGAGGGCGACTCTGTAGCAGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S15_485V6.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184448|gb|FC359194.1|FC359194
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EST: gi|162194595|gb|FC369986.1|FC369986
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EST: gi|162256595|gb|FC432905.1|FC432905
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EST: gi|162198441|gb|FC375276.1|FC375276
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genomic: AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAGgtgcgtccct ... atggtcgcagGATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
EST: gi|162161163|gb|FC336511.1|FC336511
EST:     AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAG                         GATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
genomic: AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAGgtgcgtccct ... atggtcgcagGATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
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EST:     AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAG                         GATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
genomic: AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAGgtgcgtccct ... atggtcgcagGATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
EST: gi|162180841|gb|FC358342.1|FC358342
EST:     AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAG                         GATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
genomic: AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAGgtgcgtccct ... atggtcgcagGATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
EST: gi|162184148|gb|FC358894.1|FC358894
EST:     AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAG                         GATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
genomic: AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAGgtgcgtccct ... atggtcgcagGATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAA
EST: gi|162172729|gb|FC348110.1|FC348110
EST:     AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGATGGCAACCCCATGGATGCATCAG                         GATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTT
genomic: AATTAAGGAACCAGAGCCTGTTCAAGCTGGCAACCCCATGGATGCATCAGgtgcgtccct ... atggtcgcagGATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcgtccctgatataagctacatttgctgaagctttctttcaaattcgatgtagtcaagttttaactagtccgctttactcaaagggctttcgtcaaagtcatgtaaattctatgtcttgttccaaatggctgaaagacaagtatgtgtgggatggtcgcagGATATGGTTATTAAGGAGTTGAGCGTTTTGAATAATGCCTCTGATTTTTAAAGCAGATTTTTTTTAGTAGTAATTTTGAGAGGGCGACTCTGTAGCAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG