Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttggattcactgcggtggttttaacttcgagagaatcttgcactttcacctttaatggctgtaagtgatttgtaaatctcgtggtgtggtggcgcagtattaagagtcttggataccatgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTAACTTCTGATGTTGTTGTTACCGAAATCAAGGAAGCTGAGGTTGCTGTCG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S14_298V6.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162191543|gb|FC368469.1|FC368469
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|37847899|gb|BJ605907.1|BJ605907
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACNTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162162748|gb|FC337802.1|FC337802
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162173846|gb|FC349438.1|FC349438
EST:     CAGGTGTTTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162274031|gb|FC450378.1|FC450378
EST:     CAGGTGTTTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|18333501|gb|BJ165516.1|BJ165516
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162248294|gb|FC422548.1|FC422548
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162153950|gb|FC329457.1|FC329457
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162158908|gb|FC334794.1|FC334794
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162176836|gb|FC353344.1|FC353344
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162175540|gb|FC350971.1|FC350971
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162187435|gb|FC362657.1|FC362657
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162181645|gb|FC357947.1|FC357947
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|67723761|gb|BJ974020.1|BJ974020
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162156888|gb|FC333042.1|FC333042
EST:     CAGGTGTTTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|67725517|gb|BJ975776.1|BJ975776
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|37844241|gb|BJ602249.1|BJ602249
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162242319|gb|FC416101.1|FC416101
EST:     ACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: ACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162242333|gb|FC416102.1|FC416102
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|208398728|gb|DC916251.1|DC916251
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|208393744|gb|DC946066.1|DC946066
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTNCCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162193666|gb|FC371245.1|FC371245
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162162747|gb|FC337801.1|FC337801
EST:     CAGGTGTTTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTTTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|208379255|gb|DC927266.1|DC927266
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|208356169|gb|DC918409.1|DC918409
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162171349|gb|FC346442.1|FC346442
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162170823|gb|FC347437.1|FC347437
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162162984|gb|FC339299.1|FC339299
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|208345188|gb|DC925685.1|DC925685
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162248295|gb|FC422549.1|FC422549
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162195953|gb|FC372150.1|FC372150
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|37840202|gb|BJ598210.1|BJ598210
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162274032|gb|FC450379.1|FC450379
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162176837|gb|FC353345.1|FC353345
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162167159|gb|FC343635.1|FC343635
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162227586|gb|FC403528.1|FC403528
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|37828026|gb|BJ586038.1|BJ586038
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|37833563|gb|BJ591575.1|BJ591575
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162210341|gb|FC386221.1|FC386221
EST:     CGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162192858|gb|FC370177.1|FC370177
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|37831121|gb|BJ589133.1|BJ589133
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162156889|gb|FC333043.1|FC333043
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|208362988|gb|DC957957.1|DC957957
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|37846332|gb|BJ604340.1|BJ604340
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162192859|gb|FC370178.1|FC370178
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162255392|gb|FC431806.1|FC431806
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162246716|gb|FC422709.1|FC422709
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162255991|gb|FC431755.1|FC431755
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162253682|gb|FC430420.1|FC430420
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162227911|gb|FC403719.1|FC403719
EST:     CGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162194751|gb|FC371598.1|FC371598
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162158431|gb|FC334226.1|FC334226
EST:     AGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: AGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|162157417|gb|FC333194.1|FC333194
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACTAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
EST: gi|208370457|gb|DC952160.1|DC952160
EST:     CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG                         GTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA
genomic: CAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 15

GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggat ... tgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTAACTTCTGATGTTGTTGTTACCGAAATCAAGGAAGCTGAGGTTGCTGTCG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatctcgtggtgtggtggcgcagtattaagagtcttggataccatgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTAACTTCTGATGTTGTTGTTACCGAAATCAAGGAAGCTGAGGTTGCTGTCG
                      agtattaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacttggattcactgcggtggttttaacttcgagagaatcttgcactttcacctttaatggctgtaagtgatttgtaaatctcgtggtgtggtggcgcagtattaagagtcttggataccatgttttgcagGTTGTCAGGTGTTGCTTGGAGCATGCCGCTTCCGTAGCGAAGATCTTCTTAACTTCTGATGTTGTTGTTACCGAAATCAAGGAAGCTGAGGTTGCTGTCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA