Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgttctccttgttattacgaactggaagcatgtgcatcgcataggattttcctattttcaatcaaagtgaggtcttacatcgctcgctgttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTGGTCATCCGCCCCATGTACTCTAGCCCCCCGGCTCATGGTGCAGCCATTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S132_95V6.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208348540|gb|DC905819.1|DC905819
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162173605|gb|FC349573.1|FC349573
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162182166|gb|FC358181.1|FC358181
EST:     GACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: GACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|67726923|gb|BJ977182.1|BJ977182
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162196336|gb|FC375406.1|FC375406
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|208400819|gb|DC925099.1|DC925099
EST:     ATGCTAAGANCNTGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162267155|gb|FC443386.1|FC443386
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|208350485|gb|DC926452.1|DC926452
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGNTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162205457|gb|FC381555.1|FC381555
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTNAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|208366377|gb|DC947573.1|DC947573
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162175651|gb|FC351238.1|FC351238
EST:     ATGCTAAGAACATGAGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162263808|gb|FC438427.1|FC438427
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162176138|gb|FC351087.1|FC351087
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 10

TGTTCGCTTATTTGTAGCTGATGGTGGGGAATGTTTTGTTGCACAAAGTTATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTGGTCATCCGCCCCATGTACTCTAGCCCCCCGGCTCATGGTGCAGCCATTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gattttcctattttcaatcaaagtgaggtcttacatcgctcgctgttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTGGTCATCCGCCCCATGTACTCTAGCCCCCCGGCTCATGGTGCAGCCATTG
                           gtcttac  putative branch site (score: 10)
        tattttcaatcaaa  TA-rich tract