Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctcctgtgattatccttttgttctgtttgatattaaacttcaattaagaatttaatatgaggctgatcgatttggttcttgggctccttacgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCTGTGAATCCTTTGGACAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S72_188V6.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162153696|gb|FC329099.1|FC329099
EST:     GACAGCTTTAAT                         GTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
genomic: GACAGCTTTAATgtaattatcc ... acgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
EST: gi|162155187|gb|FC331683.1|FC331683
EST:     CAGCTATGCACCTCCTTGATCTTATGGGATTCATAACAGACAGCTTTAAT                         GTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
genomic: CAGCTATGCACCTCCTTGATCTTATGGGATTCATAACAGACAGCTTTAATgtaattatcc ... acgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
EST: gi|162153697|gb|FC329100.1|FC329100
EST:     GACAGCTTTAAT                         GTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
genomic: GACAGCTTTAATgtaattatcc ... acgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
EST: gi|18332622|gb|BJ164635.1|BJ164635
EST:     TGGGATTCATAACAGACAGCTTTAAT                         GTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
genomic: TGGGATTCATAACAGACAGCTTTAATgtaattatcc ... acgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
EST: gi|208373960|gb|DC944693.1|DC944693
EST:     CAGCTATGCACCTCCTTGATCTTATGGGATTCATAACAGACAGCTTTAAT                         GTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
genomic: CAGCTATGCACCTCCTTGATCTTATGGGATTCATAACAGACAGCTTTAATgtaattatcc ... acgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
EST: gi|37841040|gb|BJ599048.1|BJ599048
EST:     TTATGGGATTCATAACAGACAGCTTTAAT                         GTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
genomic: TTATGGGATTCATAACAGACAGCTTTAATgtaattatcc ... acgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
EST: gi|208374836|gb|DC956109.1|DC956109
EST:     CAGCTATGCACCTCCTTGATCTTATGGGATTCATAACAGACAGCTTTAAT                         GTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT
genomic: CAGCTATGCACCTCCTTGATCTTATGGGATTCATAACAGACAGCTTTAATgtaattatcc ... acgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taagaatttaatatgaggctgatcgatttggttcttgggctccttacgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCTGTGAATCCTTTGGACAA
                                        tccttac  putative branch site (score: 2)
                                       ctccttac  CT-rich tract
     atttaatatga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctcctgtgattatccttttgttctgtttgatattaaacttcaattaagaatttaatatgaggctgatcgatttggttcttgggctccttacgattgcagGTGAGTCATACTATCAATGAGCTTAGCTTTGGTGCTCATTTCCCTGGAGCTGTGAATCCTTTGGACAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT