1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ggtatgtgccaattggtttgttaaggaaacaaatagcaaagtcctatgtttatttcatcgcttcagatatttagtctcaaggtatcatttttggatgcagATTATGGATGCATCCTTTCAAGCTATGGAGGTTGAAGGGAAAACCTTAATAAATGCTGGCGTATTGAAGCAGGCGGATATTGATGCTGCGCTGAAGGGGA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S47_201V6.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGCTCGTGCAG ATTATGGATGCATCCTTTCAAGCTATGGAGGTTGAAGGGAAAACCTTAATAEST: gi|162197206|gb|FC372519.1|FC372519
genomic: GAAGCTCGTGCAGgtgagggtac ... ttggatgcagATTATGGATGCATCCTTTCAAGCTATGGAGGTTGAAGGGAAAACCTTAATA
EST: ACACTCAAAAGTCTCTCCGACACACTTTACAGGAAGTGAAGCTCGTGCAG ATTATGGATGCATCCTTTCAAGCTATGGAGGTTGAAGGGAAAACCTTAATA
genomic: ACACTCAAAAGTCTCTCCGACACACTTTACAGGAAGTGAAGCTCGTGCAGgtgagggtac ... ttggatgcagATTATGGATGCATCCTTTCAAGCTATGGAGGTTGAAGGGAAAACCTTAATA
atgtttatttcatcgcttcagatatttagtctcaaggtatcatttttggatgcagATTATGGATGCATCCTTTCAAGCTATGGAGGTTGAAGGGAAAACCTTAATAAATGCTGGCGTATTGAAGCAGGCGGATATTGATGCTGCGCTGAAGGGGA
tcattttt CT-rich tract
tatcattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtatgtgccaattggtttgttaaggaaacaaatagcaaagtcctatgtttatttcatcgcttcagatatttagtctcaaggtatcatttttggatgcagATTATGGATGCATCCTTTCAAGCTATGGAGGTTGAAGGGAAAACCTTAATAAATGCTGGCGTATTGAAGCAGGCGGATATTGATGCTGCGCTGAAGGGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG