Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgttgatgtaaagagtagtatgaaattgtaacacggagctagtaagccattttatttgtgctggccaaaagtggctgaagtcattcattgtgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCTGATGATATTCATGTCTTAGTGTCAATTGCACTTTAAGGTCCGTGACCA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S32_198V6.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67576495|gb|BJ949319.1|BJ949319
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|162186136|gb|FC361340.1|FC361340
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|162234389|gb|FC410135.1|FC410135
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|37844993|gb|BJ603001.1|BJ603001
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|208398602|gb|DC916123.1|DC916123
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|37823581|gb|BJ581647.1|BJ581647
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|162183482|gb|FC358774.1|FC358774
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|37848881|gb|BJ606889.1|BJ606889
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|37828828|gb|BJ586840.1|BJ586840
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: gi|67700022|gb|BJ960255.1|BJ960255
EST:     AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG                         ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 24 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 4

ACCTCGGAGTTTTAGTTGGGAAGGGCGGGCTTCATGGAAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCTGATGATATTCATGTCTTAGTGTCAATTGCACTTTAAGGTCCGTGACCA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccattttatttgtgctggccaaaagtggctgaagtcattcattgtgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCTGATGATATTCATGTCTTAGTGTCAATTGCACTTTAAGGTCCGTGACCA
     tttatttgt  TA-rich tract