1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...aatcgttggctttattcgtactttctcgactgcacgaagagtttattttctagaggcttgctgggtctttctgactgctgcatttggaaattacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGAATGGCGTTGTTCCTGCTGATGCCACAACCGCGAAGTACTTGGAAGGAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S227_66V6.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162179912|gb|FC355983.1|FC355983
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162198076|gb|FC372103.1|FC372103
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: GTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|100388195|gb|BY951797.1|BY951797
genomic: GTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162213332|gb|FC389620.1|FC389620
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|7286764|gb|AW599251.1|AW599251
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|100413212|gb|BY956563.1|BY956563
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162243292|gb|FC415641.1|FC415641
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: TGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162243293|gb|FC415642.1|FC415642
genomic: TGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162213331|gb|FC389619.1|FC389619
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: GCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162261369|gb|FC437802.1|FC437802
genomic: GCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|67725705|gb|BJ975964.1|BJ975964
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: TGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACAT-GTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162262854|gb|FC439273.1|FC439273
genomic: TGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162159195|gb|FC334366.1|FC334366
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162267272|gb|FC442060.1|FC442060
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162222837|gb|FC399299.1|FC399299
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAGGACAGAATGACTCTGTGCAACAT-GTCGTGGGAAGCTGGAGGCAAEST: gi|162267271|gb|FC442059.1|FC442059
genomic: CGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGT-GGAAGCTGGAGGCAA
EST: TACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162172982|gb|FC347892.1|FC347892
genomic: TACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162258438|gb|FC434445.1|FC434445
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|100410814|gb|BY956200.1|BY956200
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|67727259|gb|BJ977518.1|BJ977518
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAANTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|19778198|gb|BQ039280.1|BQ039280
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACATAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162222838|gb|FC399300.1|FC399300
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAGGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|19782687|gb|BQ039891.1|BQ039891
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGEST: gi|162199218|gb|FC375054.1|FC375054
genomic: CAACTTACAGAGCGATGGAGTTTGTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
EST: GTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACG ATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
genomic: GTCGGCACTGCCGTTGATGCTATGACGgttagtagtc ... ttacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAG
ttttctagaggcttgctgggtctttctgactgctgcatttggaaattacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGAATGGCGTTGTTCCTGCTGATGCCACAACCGCGAAGTACTTGGAAGGAA
ttctgac putative branch site (score: 19)
aaattacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatcgttggctttattcgtactttctcgactgcacgaagagtttattttctagaggcttgctgggtctttctgactgctgcatttggaaattacatgtagATGGAAGACAGAATGACTCTGTGCAACATGGTCGTGGAAGCTGGAGGCAAGAATGGCGTTGTTCCTGCTGATGCCACAACCGCGAAGTACTTGGAAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - -ctgcacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgca