Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcaatcaaattctcttatcagagcatttgtgataagtttattacacccttaagttgccaaatgtaggtaattttggatcaatattaaaacacgtggttatggacagAATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATGAAAGTCAAGCCCCGCCAAGGTGATGCATTGCTTTTCTACTCAATGCATC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S19_322V6.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37834238|gb|BJ592250.1|BJ592250
EST:     TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAA                         AATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
genomic: TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAAgtaagttcaa ... ttatggacagAATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
EST: gi|37828706|gb|BJ586718.1|BJ586718
EST:     TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAA                         AATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
genomic: TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAAgtaagttcaa ... ttatggacagAATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
EST: gi|37833465|gb|BJ591477.1|BJ591477
EST:     TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAA                         AATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
genomic: TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAAgtaagttcaa ... ttatggacagAATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
EST: gi|67692339|gb|BJ952572.1|BJ952572
EST:     TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAA                         AATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
genomic: TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAAgtaagttcaa ... ttatggacagAATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
EST: gi|37836261|gb|BJ594269.1|BJ594269
EST:     TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAA                         AATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG
genomic: TATATCTATCGGATGTGGAAGAGGGTGGAGAGACCATGTTTCCCTTCGAAgtaagttcaa ... ttatggacagAATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttgccaaatgtaggtaattttggatcaatattaaaacacgtggttatggacagAATTTTCAAAACATGAACATAGGCTTTGACTACAAGAAGTGCATTGGAATGAAAGTCAAGCCCCGCCAAGGTGATGCATTGCTTTTCTACTCAATGCATC
                taattttggatcaata  TA-rich tract