Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tataatgtgtgcttcatctggcttattgggaccagttgtgctggcaagcaatgaatgttcgttagtagatccatgacttccgaactctttttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAGAGGCCAGAAAATGCCGGAAAATTGATTGCG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S17_59V6.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162268500|gb|FC444373.1|FC444373
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|208377588|gb|DC922691.1|DC922691
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGCGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|67728207|gb|BJ978466.1|BJ978466
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|208394494|gb|DC953533.1|DC953533
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162171168|gb|FC347782.1|FC347782
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|18339727|gb|BJ171754.1|BJ171754
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|18339387|gb|BJ171414.1|BJ171414
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37845880|gb|BJ603888.1|BJ603888
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|18335316|gb|BJ167334.1|BJ167334
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162164731|gb|FC340778.1|FC340778
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162263267|gb|FC438555.1|FC438555
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37847445|gb|BJ605453.1|BJ605453
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37823802|gb|BJ581868.1|BJ581868
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|67727983|gb|BJ978242.1|BJ978242
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|208344999|gb|DC925409.1|DC925409
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|18340053|gb|BJ172081.1|BJ172081
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|208399703|gb|DC924901.1|DC924901
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37822310|gb|BJ580376.1|BJ580376
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCGGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37849938|gb|BJ607946.1|BJ607946
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162216431|gb|FC393264.1|FC393264
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|18335899|gb|BJ167920.1|BJ167920
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162150188|gb|FC326065.1|FC326065
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|67720467|gb|BJ970726.1|BJ970726
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|18335231|gb|BJ167249.1|BJ167249
EST:     NCGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGNAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|67723616|gb|BJ973875.1|BJ973875
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162216430|gb|FC393263.1|FC393263
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162219191|gb|FC396630.1|FC396630
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|208395218|gb|DC916027.1|DC916027
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|67720311|gb|BJ970570.1|BJ970570
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37851880|gb|BJ609888.1|BJ609888
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162164732|gb|FC340779.1|FC340779
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCANGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGC
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGC
EST: gi|162278511|gb|FC453973.1|FC453973
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37834751|gb|BJ592763.1|BJ592763
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|67698281|gb|BJ958514.1|BJ958514
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162277366|gb|FC453172.1|FC453172
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162278510|gb|FC453972.1|FC453972
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37847513|gb|BJ605521.1|BJ605521
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162219190|gb|FC396629.1|FC396629
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162237880|gb|FC412507.1|FC412507
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37826715|gb|BJ584727.1|BJ584727
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|18339112|gb|BJ171138.1|BJ171138
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|67728189|gb|BJ978448.1|BJ978448
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37821669|gb|BJ579735.1|BJ579735
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37849484|gb|BJ607492.1|BJ607492
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37830352|gb|BJ588364.1|BJ588364
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|37833051|gb|BJ591063.1|BJ591063
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|67697830|gb|BJ958063.1|BJ958063
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|208381978|gb|DC923837.1|DC923837
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|18335080|gb|BJ167098.1|BJ167098
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
EST: gi|162273731|gb|FC449454.1|FC449454
EST:     ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTG                         GTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG
genomic: ACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 36

GTATCTAGTAACGATGCTGTGGAGATGGCTAAGCAGCTTGCCCTGAAGGAAGGTTTGCTGgtgagagcat ... ttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAGAGGCCAGAAAATGCCGGAAAATTGATTGCG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagcaatgaatgttcgttagtagatccatgacttccgaactctttttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAGAGGCCAGAAAATGCCGGAAAATTGATTGCG
                                           ttttgat  putative branch site (score: 36)
                                       ctcttttt  CT-rich tract
                                          tttttgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tataatgtgtgcttcatctggcttattgggaccagttgtgctggcaagcaatgaatgttcgttagtagatccatgacttccgaactctttttgatggcagGTTGGAATTTCCTCAGGAGCTGCTACAGCCGCAGCTGTCGAGGTGGCCAAGAGGCCAGAAAATGCCGGAAAATTGATTGCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - -tgcttca