Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagtatcaatgtttgaaaacagttttcatttattgcctggacatcctgaagctcagcatatatctgggttgtggtgacttctcttgcttcaaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTTGGGTCTTCAAGTTATCGCAAAGATTCGTGGATATGCTGATGCTGCACAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S160_44V6.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208364951|gb|DC947093.1|DC947093
EST:     -TTNAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|18333054|gb|BJ165068.1|BJ165068
EST:     GCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGNAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGNAGTT
genomic: GCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208357273|gb|DC949903.1|DC949903
EST:     AAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: AAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208372747|gb|DC952634.1|DC952634
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|162258773|gb|FC434572.1|FC434572
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|67724453|gb|BJ974712.1|BJ974712
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|37824997|gb|BJ583063.1|BJ583063
EST:     AGCTGNCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: AGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|67727140|gb|BJ977399.1|BJ977399
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|37828592|gb|BJ586604.1|BJ586604
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGAAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|22132646|gb|BQ827270.1|BQ827270
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208385682|gb|DC952843.1|DC952843
EST:     -TTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|18335246|gb|BJ167264.1|BJ167264
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|162166658|gb|FC343550.1|FC343550
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208375552|gb|DC945111.1|DC945111
EST:     -TTNAATCAGATGGTGGTTCTGNTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|37838686|gb|BJ596694.1|BJ596694
EST:     GTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: GTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208362030|gb|DC950479.1|DC950479
EST:     TGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCNTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|40781593|gb|AJ583523.1|AJ583523
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|162177571|gb|FC352429.1|FC352429
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208389390|gb|DC953228.1|DC953228
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|162177570|gb|FC352428.1|FC352428
EST:     -TTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208362110|gb|DC943523.1|DC943523
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|67728109|gb|BJ978368.1|BJ978368
EST:     TTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208367940|gb|DC955375.1|DC955375
EST:     -TTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208353436|gb|DC922490.1|DC922490
EST:     TTT-AATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGATGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|162166659|gb|FC343551.1|FC343551
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGC
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGC
EST: gi|162258772|gb|FC434571.1|FC434571
EST:     GTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: GTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|19782978|gb|BQ039945.1|BQ039945
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208388349|gb|DC949321.1|DC949321
EST:     AATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: AATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
EST: gi|208368091|gb|DC947651.1|DC947651
EST:     TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAG                         TGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT
genomic: TTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 32 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 8

TTGGATGCGGGGAAATTGAGAAAACTTCGACCAGCATTTAAATCAGATGGTGGTTCTGTTACAGCTGGCAATGCTTCAAGTATCAGgtgtgctttt ... aaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTTGGGTCTTCAAGTTATCGCAAAGATTCGTGGATATGCTGATGCTGCACAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgaagctcagcatatatctgggttgtggtgacttctcttgcttcaaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTTGGGTCTTCAAGTTATCGCAAAGATTCGTGGATATGCTGATGCTGCACAG
                                cttctcttgcttca  CT-rich tract
            atatatct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tagtatcaatgtttgaaaacagttttcatttattgcctggacatcctgaagctcagcatatatctgggttgtggtgacttctcttgcttcaaatgtgcagTGATGGAGCTGCTGCTCTTGTCCTAGTTAGTGGTGCGAAAGCGAAGGAGTTGGGTCTTCAAGTTATCGCAAAGATTCGTGGATATGCTGATGCTGCACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ctggaca