Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtgctacaatttatgtgattttggcatatgatgattttacatgtttttggtgggttacgttctggcgtcgtccagtgaagcgggagagcttgattgtgatattttacacttttccactatttaatttctaaaaatctggtttgatgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTGTACGAGGATCTCATGGCCGCTGGTATCATCGACCCTGCAAAGGTTGTGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S15_485V6.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S15_485V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gttggtgctacaatttatgtgattttggcatatgatgattttacatgtttttggtgggttacgttctggcgtcgtccagtgaagcgggagagcttgattgtgata--ttttacactttt-ccactatttaatttctaaa----aatctggtttga------tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTGTACGAGGATCTCATGGCCGCTGGTATCATCGACCCTGCAAAGGTTGTGA
                                                                                      | | |||||||||   | |  | | || | | | ||||  || ||    |  |    |||||  | | |      |   || ||||| ||  | ||||| ||||     |  ||||| ||||||||||||||   ||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||  | |||       
--------------------------------------------------------------------------------------gtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184448|gb|FC359194.1|FC359194
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162177439|gb|FC352972.1|FC352972
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162194595|gb|FC369986.1|FC369986
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|67508408|gb|BJ941275.1|BJ941275
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162184149|gb|FC358895.1|FC358895
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162256595|gb|FC432905.1|FC432905
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162166167|gb|FC343410.1|FC343410
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162219401|gb|FC396918.1|FC396918
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162154270|gb|FC330401.1|FC330401
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162186555|gb|FC363319.1|FC363319
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|208388855|gb|DC945431.1|DC945431
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162188247|gb|FC364741.1|FC364741
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162174051|gb|FC350566.1|FC350566
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162182314|gb|FC357185.1|FC357185
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162255426|gb|FC431840.1|FC431840
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|37839241|gb|BJ597249.1|BJ597249
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|67691625|gb|BJ951858.1|BJ951858
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|37820953|gb|BJ579019.1|BJ579019
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162179103|gb|FC356504.1|FC356504
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|67578711|gb|BJ950878.1|BJ950878
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162226061|gb|FC401027.1|FC401027
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162161062|gb|FC337047.1|FC337047
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162198440|gb|FC375275.1|FC375275
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162171511|gb|FC347813.1|FC347813
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162166111|gb|FC343380.1|FC343380
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162191123|gb|FC367385.1|FC367385
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162173178|gb|FC348725.1|FC348725
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162153514|gb|FC329608.1|FC329608
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|67697957|gb|BJ958190.1|BJ958190
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162155280|gb|FC331217.1|FC331217
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162150358|gb|FC326630.1|FC326630
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162183968|gb|FC359338.1|FC359338
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162153381|gb|FC329891.1|FC329891
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162154099|gb|FC330542.1|FC330542
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|67698656|gb|BJ958889.1|BJ958889
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162219400|gb|FC396917.1|FC396917
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162150982|gb|FC327878.1|FC327878
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162198441|gb|FC375276.1|FC375276
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162161163|gb|FC336511.1|FC336511
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162173823|gb|FC349415.1|FC349415
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162180841|gb|FC358342.1|FC358342
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162184148|gb|FC358894.1|FC358894
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
EST: gi|162172729|gb|FC348110.1|FC348110
EST:     AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAG                         GTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG
genomic: AGCTTATTGCCAAGAATGCCGGCGTGAACGGGAGTGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcta ... tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttacacttttccactatttaatttctaaaaatctggtttgatgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTGTACGAGGATCTCATGGCCGCTGGTATCATCGACCCTGCAAAGGTTGTGA
                actatttaatttctaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggtgctacaatttatgtgattttggcatatgatgattttacatgtttttggtgggttacgttctggcgtcgtccagtgaagcgggagagcttgattgtgatattttacacttttccactatttaatttctaaaaatctggtttgatgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTGTACGAGGATCTCATGGCCGCTGGTATCATCGACCCTGCAAAGGTTGTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG