1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...attctagaacatcctttggtacaaggaatctcatgatatcctttcgagagaattttcggatgtatacttagtgcattggaatgatgctgggacaatgcagGACAAGATTGTCCAAGGCGAGCAGAAAACATTGGAGGAGTTGACGTGCAGTGTTTGCTTGGAGCAAGTGGTGGAGGGTGAAATAATTCGAACTCTTCCAT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S90_225V6.4 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAGCTGTCCTCTGAGGAAGTCAAAGTCGACGTTGTCGATGAAACTCCG GACAAGATTGTCCAAGGCGAGCAGAAAACATTGGAGGAGTTGACGTGCAGTEST: gi|162266446|gb|FC442482.1|FC442482
genomic: AAGAGCTGTCCTCTGAGGAAGTCAAAGTCGACGTTGTCGATGAAACTCCGgtacgtgtac ... gacaatgcagGACAAGATTGTCCAAGGCGAGCAGAAAACATTGGAGGAGTTGACGTGCAGT
EST: AAGAGCTGTCCTCTGAGGAAGTCAAAGTCGACGTTGTCGATGAAACTCCG GACAAGATTGTCCAAGGCGAGCAGAAAACATTGGAGGAGTTGACGTGCAGT
genomic: AAGAGCTGTCCTCTGAGGAAGTCAAAGTCGACGTTGTCGATGAAACTCCGgtacgtgtac ... gacaatgcagGACAAGATTGTCCAAGGCGAGCAGAAAACATTGGAGGAGTTGACGTGCAGT
gagagaattttcggatgtatacttagtgcattggaatgatgctgggacaatgcagGACAAGATTGTCCAAGGCGAGCAGAAAACATTGGAGGAGTTGACGTGCAGTGTTTGCTTGGAGCAAGTGGTGGAGGGTGAAATAATTCGAACTCTTCCAT
tatactta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attctagaacatcctttggtacaaggaatctcatgatatcctttcgagagaattttcggatgtatacttagtgcattggaatgatgctgggacaatgcagGACAAGATTGTCCAAGGCGAGCAGAAAACATTGGAGGAGTTGACGTGCAGTGTTTGCTTGGAGCAAGTGGTGGAGGGTGAAATAATTCGAACTCTTCCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG