Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatgttctcttacaaatttgttgtgcgtgagcctcacttctgaatgcggaatctccattaggcaggctggcgagtaagagtagacgatgtgcagtgatggcgatgttgaggcccaaaaatggatggctggtgatgtcgcagTGTTTGTTGGCGGATTATGAGCCGAATGGTCTGGATGAGTCGGTGTTGTGGACGATGAGCGAGGACATGGGGCAAGGGTATCGCTGCATCCGCGTGGTGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_371V6.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208360522|gb|DC950068.1|DC950068
EST:     AC-ANGTTACAGGCGAATGTTTGCGACATCCACCTGAGGACCTGAAGCAG                         TGTTTGTTGGCGGATTATGAGCCGAATGGTCTGGATGAGTCGGTGTTGTGG
genomic: ACAAGGTTACAGGCGAATGTTTGCGACATCCACCTGAGGACCTGAAGCAGgtgatgttct ... gatgtcgcagTGTTTGTTGGCGGATTATGAGCCGAATGGTCTGGATGAGTCGGTGTTGTGG
EST: gi|162275803|gb|FC451156.1|FC451156
EST:     ACAAGGTTACAGGCGAATGTTTGCGACATCCACCTGAGGACCTGAAGCAG                         TGTTTGTTGGCGGATTATGAGCCGAATGGTCTGGATGAGTCGGTGTTGTGG
genomic: ACAAGGTTACAGGCGAATGTTTGCGACATCCACCTGAGGACCTGAAGCAGgtgatgttct ... gatgtcgcagTGTTTGTTGGCGGATTATGAGCCGAATGGTCTGGATGAGTCGGTGTTGTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgcagtgatggcgatgttgaggcccaaaaatggatggctggtgatgtcgcagTGTTTGTTGGCGGATTATGAGCCGAATGGTCTGGATGAGTCGGTGTTGTGGACGATGAGCGAGGACATGGGGCAAGGGTATCGCTGCATCCGCGTGGTGA
                            aaaaat  TA-rich tract