1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...accacatgtgtgtgtgtgttgcaagtcggagtcatggagtttgggcgagtgaggtggaggagtagtgctgaatttgacgagattctggatgtccttgcagCCTCTGTTCCCCGGAGAGAGTGGAGTGGATCAATTGGTGGAGATTATCAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S60_85V6.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cgagtgaggtggaggagtagtgctgaatttgacgagattctggatgtccttgcagCCTCTGTTCCCCGGAGAGAGTGGAGTGGATCAATTGGTGGAGATTATCAAG
atttgac putative branch site (score: 10)
tgtcctt putative PPT
tgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| accacatgtgtgtgtgtgttgcaagtcggagtcatggagtttgggcgagtgaggtggaggagtagtgctgaatttgacgagattctggatgtccttgcagCCTCTGTTCCCCGGAGAGAGTGGAGTGGATCAATTGGTGGAGATTATCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- cacatgt
- - - - - - - - tgttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgaa