1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtgtgcctttcttacatctacttatgtcagtatgaaaaagagaattgttgtggtactctcgttttggagtcgtgcgacttgtttgggtttcggctttgtccattgttaaacagctcactcaggtttctaacactgccggtgcgaacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATGAGTTGGGCGTTCGTTATGTGCCACTCATTTAACATCCTACATAATTCT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S55_159V6.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|208365688|gb|DC944144.1|DC944144
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162171977|gb|FC349257.1|FC349257
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37848016|gb|BJ606024.1|BJ606024
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37841565|gb|BJ599573.1|BJ599573
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162179521|gb|FC356561.1|FC356561
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162158828|gb|FC335351.1|FC335351
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162174063|gb|FC350578.1|FC350578
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37846075|gb|BJ604083.1|BJ604083
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTNGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162266763|gb|FC442279.1|FC442279
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37852089|gb|BJ610097.1|BJ610097
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37842080|gb|BJ600088.1|BJ600088
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162179520|gb|FC356560.1|FC356560
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162181680|gb|FC358710.1|FC358710
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37846074|gb|BJ604082.1|BJ604082
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162197969|gb|FC373984.1|FC373984
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37841159|gb|BJ599167.1|BJ599167
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|162162076|gb|FC338867.1|FC338867
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37852017|gb|BJ610025.1|BJ610025
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|37853578|gb|BJ611586.1|BJ611586
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATEST: gi|18341709|gb|BJ173744.1|BJ173744
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
EST: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAG GAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
genomic: AGCTGAAGCCAGGCGGTCGCATGGTGATTCCTGTTGGGACAGATTCTCAGgtgtgccttt ... aacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAAT
tccattgttaaacagctcactcaggtttctaacactgccggtgcgaacgctgcagGAGCTTATGATTGTTGACAAGCTACTCGATGGGACAGTGAAGAAGACCAATGAGTTGGGCGTTCGTTATGTGCCACTCATTTAACATCCTACATAATTCT
ttctaac putative branch site (score: 1)
tgttaaa TA-rich tract