1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gttaatttctgccacattctgccgcagtttttttaatcttcttcacaatcggttaatcctttatttctatttttctgtggcaattttctgcttgatttagttttggggtaaagttaatgaatcttcgttttgtgagccacaaatatttgcacactgtaaaaaccttaaagcctgttattcttgcagCTGCTGTACGAGGTAACCCTTTGTATATGGCTTCTGTCCTTTGTCGACAGTGCTGTTGAAGCGTTTTCCTCGGCAAAAGTGCTTCCTCGCTTAGTGGAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S51_320V6.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTGGCTCCCCTTA-TTACGNCCCCTCAC-AATCAGGCA-TCTATTCAG CTGCTGTACGAEST: gi|100411612|gb|BY992251.1|BY992251
genomic: TTCTGGCTCCC-TTAATTACG-CCCCTCACCAATCAG-CAATCTATTCAGgttaatttct ... attcttgcagCTGCTGTACGA
EST: GCTTCTGGCTCCCCTTA-TTACGCCCCTCACCAATCAGCAATCTATTCAG CTGCTGTACGAGGTAACCCTTTGTATATGGCTTCTGTCTTTTGTCGEST: gi|162194589|gb|FC369980.1|FC369980
genomic: GCTTCTGGCTCCC-TTAATTACGCCCCTCACCAATCAGCAATCTATTCAGgttaatttct ... attcttgcagCTGCTGTACGAGGTAACCCTTTGTATATGGCTTCTGTCCTTTGTCG
EST: AGCTTCTGGCTCCCTTAATTACGCCCCTCACCAATCAGCAATCTATTCAG CTGCTGTACGAGGTAACCCTTTGTATATGGCTTCTGTCCTTTGTCGACAGT
genomic: AGCTTCTGGCTCCCTTAATTACGCCCCTCACCAATCAGCAATCTATTCAGgttaatttct ... attcttgcagCTGCTGTACGAGGTAACCCTTTGTATATGGCTTCTGTCCTTTGTCGACAGT
gtgagccacaaatatttgcacactgtaaaaaccttaaagcctgttattcttgcagCTGCTGTACGAGGTAACCCTTTGTATATGGCTTCTGTCCTTTGTCGACAGTGCTGTTGAAGCGTTTTCCTCGGCAAAAGTGCTTCCTCGCTTAGTGGAAG
ttattctt CT-rich tract
acaaatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttaatttctgccacattctgccgcagtttttttaatcttcttcacaatcggttaatcctttatttctatttttctgtggcaattttctgcttgatttagttttggggtaaagttaatgaatcttcgttttgtgagccacaaatatttgcacactgtaaaaaccttaaagcctgttattcttgcagCTGCTGTACGAGGTAACCCTTTGTATATGGCTTCTGTCCTTTGTCGACAGTGCTGTTGAAGCGTTTTCCTCGGCAAAAGTGCTTCCTCGCTTAGTGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG