Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgtgctcattatttggaccctggtggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCTTTCCGTGTGCCAACTCCCAATGTGTCTGTGGTAGACCTGACCGTGCGAC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S309_73V6.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S309_73V6.3 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g07490.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtactgtgctcattatttggaccctggtggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCTTTCCGTGTGCCAACTCCCAATGTGTCTGTGGTAGACCTGACCGTGCGAC
                                         | |  | |      |||  |  |  || |    |||  |  |  |  |   |  | | ||  ||| ||   |||       ||||||| || || || || || ||  | ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || ||| |||||   ||  
----------------------------------------gtacgatgaaccaaaaatctaccttgcttt----tctagatttctgttttggctgactgttt-tgattccttatt-------agGCTGTTGGGAAAGTCCTCCCTGAGCTAAATGGAAAGCTCACTGGTATGGCCTTCCGAGTTCCAACACCAAATGTGTCTGTTGTCGACTTGACCTGCCGGA

upper sequence: PP1S309_73V6.3 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtactgtgctcattatttggaccctggtggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCTTTCCGTGTGCCAACTCCCAATGTGTCTGTGGTAGACCTGACCGTGCGAC
                            |   |    |||  |    |  || |      |  | | |  |  |   | | ||  |  ||       |||     |               ||||| || || || || || || ||  | |||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| ||||    || |
----------------------------gtacaagatggatggacacagattttatgctta-ctattttcagtgctggtatatgagattgggtttgttttataaaatc------------acagGCCGTTGGGAAAGTTCTTCCTGAGCTAAATGGGAAACTCACTGGGATGGCATTCCGTGTACCGACTCCCAATGTTTCTGTGGTGGACTTGACTTGCCGGC

upper sequence: PP1S309_73V6.3 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA16G09020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtactgtgctcattatttggaccctggtggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggat-tttcatg------cagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCTTTCCGTGTGCCAACTCCCAATGTGTCTGTGGTAGACCTGACCGTGCGAC
                                             |||     || |||||      | | | |  |     ||       | |   | || |||| | ||  | ||| |||      |||||||| || || || || |||||  | ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| ||||    || |
---------------------------------------------gtacaagatggatggacacagattttatgctt---tctattttcagtactggtatttgtgattaggtttgttttatgaaatcacagGCTGTTGGGAAAGTTCTTCCAGAGCTAAATGGAAAACTCACTGGGATGGCATTCCGTGTTCCGACTCCCAATGTTTCTGTGGTGGACTTGACTTGCCGGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208386569|gb|DC952764.1|DC952764
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACANTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGC-
EST: gi|15590664|gb|BI675280.1|BI675280
EST:     AGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: AGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|18337239|gb|BJ169263.1|BJ169263
EST:     AGCTCAACTGNAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: AGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67727324|gb|BJ977583.1|BJ977583
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208374872|gb|DC956145.1|DC956145
EST:     CTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: CTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67727955|gb|BJ978214.1|BJ978214
EST:     CCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GNCTGTGGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGG
genomic: CCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagG-CTGT-GGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGG
EST: gi|208389192|gb|DC945768.1|DC945768
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67720368|gb|BJ970627.1|BJ970627
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCCCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208369274|gb|DC956065.1|DC956065
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67727959|gb|BJ978218.1|BJ978218
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|162152341|gb|FC328528.1|FC328528
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208367067|gb|DC947801.1|DC947801
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGNACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGNCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGC
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGG-CAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGC
EST: gi|208373126|gb|DC948891.1|DC948891
EST:     AACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGNCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: AACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67723914|gb|BJ974173.1|BJ974173
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACANTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208371298|gb|DC944462.1|DC944462
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAAC-NGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|37821494|gb|BJ579560.1|BJ579560
EST:     TCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: TCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67725323|gb|BJ975582.1|BJ975582
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67725153|gb|BJ975412.1|BJ975412
EST:     CTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: CTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67726807|gb|BJ977066.1|BJ977066
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|37851285|gb|BJ609293.1|BJ609293
EST:     AGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: AGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67725858|gb|BJ976117.1|BJ976117
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208388488|gb|DC957070.1|DC957070
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208394113|gb|DC957194.1|DC957194
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|162268831|gb|FC445679.1|FC445679
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67726975|gb|BJ977234.1|BJ977234
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208351393|gb|DC921754.1|DC921754
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAGGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|162278138|gb|FC454373.1|FC454373
EST:     ACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: ACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208367555|gb|DC955702.1|DC955702
EST:     GACGT-GTGCTGGACAGAACANTA-TCCCAGCTCAAC-NGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208389399|gb|DC953237.1|DC953237
EST:     GACGTGGTGCTNGACAGAACANTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67694183|gb|BJ954416.1|BJ954416
EST:     CTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: CTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67724801|gb|BJ975060.1|BJ975060
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCTTTCCGTGTGCCAACTCCCAATGTGTCTGTGGTAGACCTGACCGTGCGAC
                gcctgat  putative branch site (score: 4)
                                            ttttcat  putative PPT
                                           attttcat  TA-rich tract