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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctctgttctgggtgttagcagtctcgtcagatatgtttcttgggggccacctgcattggcttgatgtaaaattgtatctttttattttttgtagcattcgccaactggagctgttgtgtggggaccgctgatcatattaagcccatggtatgtttattcatcgatgtgtgcatgtgttgatgtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAAGAAACTTCGCGAGGTTGGGTGTGTGACGGCTATTTGTTTCATATGCTTC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S295_30V6.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208354202|gb|DC957422.1|DC957422
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208392737|gb|DC953634.1|DC953634
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|100414507|gb|BY992807.1|BY992807
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|162260165|gb|FC436300.1|FC436300
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208363026|gb|DC946909.1|DC946909
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208367886|gb|DC950953.1|DC950953
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|162278111|gb|FC453930.1|FC453930
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208377957|gb|DC910961.1|DC910961
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGA
EST: gi|208375008|gb|DC956404.1|DC956404
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208358588|gb|DC946549.1|DC946549
EST:     CGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: CGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208374777|gb|DC932046.1|DC932046
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|162278110|gb|FC453929.1|FC453929
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208349948|gb|DC913656.1|DC913656
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         ACTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208361176|gb|DC954282.1|DC954282
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208399342|gb|DC924772.1|DC924772
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|37845291|gb|BJ603299.1|BJ603299
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAA
EST: gi|208386340|gb|DC932836.1|DC932836
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGA
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGA
EST: gi|208387111|gb|DC941283.1|DC941283
EST:     TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAG                         GCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAG
genomic: TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 25 (downstream exon)
Score: 4

TTGTGTTCCTTATGGCGGCGCTTGGATTCTTAACTTACGGTGGAAGgtaagctctg ... gtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAAGAAACTTCGCGAGGTTGGGTGTGTGACGGCTATTTGTTTCATATGCTTC




<











<


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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaagcccatggtatgtttattcatcgatgtgtgcatgtgttgatgtggtaccagGCTGTTCCTCATGTTGAGGCGGTTCCCTATCGAATCGAAGGGCCGCCGAAAGAAACTTCGCGAGGTTGGGTGTGTGACGGCTATTTGTTTCATATGCTTC
                                      tgttgat  putative branch site (score: 4)
            tatgtttatt  TA-rich tract