Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gggagcaagatatacctgagtaatgaaaagcttgcagttaggatttgatgaaaactgctggtagatctttatgttttattgtgctttggatatctttcagATGGGATATGTATATGGGCAACTTAGAGCTTGTTGAGGAAATCGACGGGCACACCGACATTGTGTACGGTTCGTTTGACCCGAAATTTTTCAAGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S279_16V6.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100384033|gb|BY950419.1|BY950419
EST:     GAGACAATTTTTGAGCACATCATGAGCTTTAATACCAAGATGCGATACCA                         ATGGGATATGTATATGGGCAACTTAGAGCTTGTTGAGGAAATCGACGGGCA
genomic: GAGACAATTTTTGAGCACATCATGAGCTTTAATACCAAGATGCGATACCAgtgagaaact ... tatctttcagATGGGATATGTATATGGGCAACTTAGAGCTTGTTGAGGAAATCGACGGGCA
EST: gi|100384305|gb|BY969436.1|BY969436
EST:     CCAAGATGCGATACCA                         ATGGGATATGTATATGGGCAACTTAGAGCTTGTTGAGGAAATCGACGGGCA
genomic: CCAAGATGCGATACCAgtgagaaact ... tatctttcagATGGGATATGTATATGGGCAACTTAGAGCTTGTTGAGGAAATCGACGGGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatgaaaactgctggtagatctttatgttttattgtgctttggatatctttcagATGGGATATGTATATGGGCAACTTAGAGCTTGTTGAGGAAATCGACGGGCACACCGACATTGTGTACGGTTCGTTTGACCCGAAATTTTTCAAGAG
 atttgat  putative branch site (score: 5)
                                             tatctttc  putative PPT
                   atctttatgttttatt  TA-rich tract