Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catggttgcccttcaagaagactgcaagaacttcattttgtgcttctttgttttatgaaccacttctcagccgcgactgattacaacctgtatgagtcagGTTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGAATGCCCACATGGCTCCACGCTTTCGGAAATTGAATCATGCACTTGCTGAACTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S234_26V6.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67695764|gb|BJ955997.1|BJ955997
EST:     AATGTGCTGACGAAGGTTGATCTTCTCCCCAACAAGCGCGACATTGATAG                         GTTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGAATGCCCACAT
genomic: AATGTGCTGACGAAGGTTGATCTTCTCCCCAACAAGCGCGACATTGATAGgtaaagttgt ... tatgagtcagGTTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGAATGCCCACAT
EST: gi|37829705|gb|BJ587717.1|BJ587717
EST:     TCCCCANCAAGCGCGACATTGATAG                         GTTCTNGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATTACTTGAATGCCCACAT
genomic: TCCCCAACAAGCGCGACATTGATAGgtaaagttgt ... tatgagtcagGTTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGAATGCCCACAT
EST: gi|37849748|gb|BJ607756.1|BJ607756
EST:     CAAGCGCGACATTGATAG                         GTTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGAATGCCCACAT
genomic: CAAGCGCGACATTGATAGgtaaagttgt ... tatgagtcagGTTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGAATGCCCACAT
EST: gi|100399107|gb|BY954203.1|BY954203
EST:     AATGTGCTGACGAAGGTTGATCTTCTCCCCAACAAGCGCGACATTGATAG                         GGTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGNATGCCCACAT
genomic: AATGTGCTGACGAAGGTTGATCTTCTCCCCAACAAGCGCGACATTGATAGgtaaagttgt ... tatgagtcagGTTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGAATGCCCACAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttgttttatgaaccacttctcagccgcgactgattacaacctgtatgagtcagGTTCTTGGATCCCGATGTTCGGCTCCTTTTCGATGACTTGAATGCCCACATGGCTCCACGCTTTCGGAAATTGAATCATGCACTTGCTGAACTG
                             gactgat  putative branch site (score: 3)
     ttttatgaa  TA-rich tract