Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctttttttcttttttcttttttttgtttaatgttagctctgtttttattctagaccctttgaagtgttttgtatatttagtatgattacactcctatgtttttgggttccttggtatattgtaaaagagatctcacattttacttctatattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACGAGGCATTTCTGGGTTAGCTTTTCAAGATTGCTGGCGGTGCATACATGCA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S215_25V6.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208376363|gb|DC932273.1|DC932273
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|18356615|gb|BJ188674.1|BJ188674
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGG
EST: gi|208345629|gb|DC909299.1|DC909299
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|162259779|gb|FC436759.1|FC436759
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|208363408|gb|DC947006.1|DC947006
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|67700873|gb|BJ961106.1|BJ961106
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|22132705|gb|BQ827296.1|BQ827296
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|18341766|gb|BJ173801.1|BJ173801
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|208371667|gb|DC932496.1|DC932496
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|162259765|gb|FC436758.1|FC436758
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|162221749|gb|FC397081.1|FC397081
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGANATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|67578005|gb|BJ950172.1|BJ950172
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|37822681|gb|BJ580747.1|BJ580747
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|208365150|gb|DC946779.1|DC946779
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|37829219|gb|BJ587231.1|BJ587231
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|208354986|gb|DC914250.1|DC914250
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|162228094|gb|FC404649.1|FC404649
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|208382460|gb|DC927994.1|DC927994
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|7584206|gb|AW700103.1|AW700103
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|208395953|gb|DC915713.1|DC915713
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|18350245|gb|BJ182296.1|BJ182296
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGG
EST: gi|67693833|gb|BJ954066.1|BJ954066
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|208382492|gb|DC923162.1|DC923162
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|37836518|gb|BJ594526.1|BJ594526
EST:     TGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: TGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
EST: gi|162221748|gb|FC397080.1|FC397080
EST:     AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAG                         ACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG
genomic: AGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 20 (downstream exon)
Score: 6

TAAGAGCATCAACAAGGGCATTGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAATGACGGACTATGGAAGgtgctttttt ... atattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACGAGGCATTTCTGGGTTAGCTTTTCAAGATTGCTGGCGGTGCATACATGCA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgggttccttggtatattgtaaaagagatctcacattttacttctatattgtcagACGTTACATCTTGACTGAAATATGATGGAGACAACGTGTGACTTGGTAACGAGGCATTTCTGGGTTAGCTTTTCAAGATTGCTGGCGGTGCATACATGCA
                           atctcac  putative branch site (score: 6)
                                        cttctat  putative PPT
                                  attttacttctatatt  TA-rich tract