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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttattggacgtttttgagtagaggtcgggcttcaactatgagcaccctgaagcgtgccattcgactgtggctcatgtacaatacgtttgaatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAAAGACGGTGAAGATTATGATGGCGGTCGTGATGTGGACGCATTTGTGACT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S201_115V6.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S201_115V6.3 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA03G39130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
---cttattggacgtttttgagtagaggtcgggcttcaactatgagcaccctgaagcgtgccattcgactgtggctcatgtacaatacgtttgaatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAAAGACGGTGAAGATTATGATGGCGGTCGTGATGTGGACGCATTTGTGACT
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gtgagtacagtgacattttgatttatcttcta-tttaaactaggtggatatcatatt-taagaaatgcatgtgcctaatttagaaaattttccaat---acagATATGGTGTTAGTGGCTATCCTACACTGAAGTTTTTCCCAAAGAGCAACAAAGCTGGTGAAGATTATAATGGTGGCCGTGATTTGGATGATTTTGTAGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37846632|gb|BJ604640.1|BJ604640
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208385376|gb|DC956616.1|DC956616
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|100394994|gb|BY990023.1|BY990023
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAANNNNNNNCCCA-GAACA-CAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|100386571|gb|BY951367.1|BY951367
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTGATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GGTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGGAATTTTTTCCCA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCA
EST: gi|22492293|gb|BU052216.1|BU052216
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208359307|gb|DC939088.1|DC939088
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTANTGCCGATGCTCACAGGGCTCT-GGTTCAAG                         GTNCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAA-TTTTT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
EST: gi|100409354|gb|BY991970.1|BY991970
EST:     TTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTAACCT-GAAATTTTTTCCCA
genomic: TTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTT-CAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTA-CCTTGAAATTTTTTCCCA
EST: gi|208348227|gb|DC905483.1|DC905483
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCANG                         GTTCGGANTGTCTGGCTATC-TACNT-GAAATTTTT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
EST: gi|100421066|gb|BY993595.1|BY993595
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         -TTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCC-AAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|37847154|gb|BJ605162.1|BJ605162
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|37835612|gb|BJ593624.1|BJ593624
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|37833789|gb|BJ591801.1|BJ591801
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208393949|gb|DC928729.1|DC928729
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|37821752|gb|BJ579818.1|BJ579818
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|37825580|gb|BJ583646.1|BJ583646
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208397894|gb|DC916649.1|DC916649
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208392590|gb|DC938555.1|DC938555
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTNGGTTCANG                         NT-CGGANTGTCTGGCTATCCTACCTTGAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAA
EST: gi|100396712|gb|BY953789.1|BY953789
EST:     TTGTGGTTTGCCA-CGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCANG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTA
genomic: TTGTGGTT-GCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTA
EST: gi|100446227|gb|CJ970526.1|CJ970526
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTNCGGAGTGTCTGGCTATC-TACCTTGAAATTTTT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
EST: gi|100373135|gb|BY949226.1|BY949226
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTNATGCCGATGCTCACAGGGCTCTGGGTTCANG                         GNTCGGAGTGTCTGGCTATCCTAC
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTAC
EST: gi|208349304|gb|DC910377.1|DC910377
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT-CCCA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCA
EST: gi|100379602|gb|BY949851.1|BY949851
EST:     GT-GTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGGTCA-G                         GNNTCGGAGTGTCTGGCTATCCTAC
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGT-TCGGAGTGTCTGGCTATCCTAC
EST: gi|100447867|gb|CJ972166.1|CJ972166
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCANG                         GTTCGGANTGTCTGGCTATCNTACCTTGAANTTTTT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
EST: gi|208386375|gb|DC937042.1|DC937042
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCANG                         -TTCGGANTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT-CCCAAGAACANCAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208366873|gb|DC940187.1|DC940187
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTNGGTTCA-G                         GTTCGGANTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAAT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAAT
EST: gi|208356961|gb|DC930019.1|DC930019
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTNAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCANG                         GTNCGGAATGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
EST: gi|208385667|gb|DC952828.1|DC952828
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208387048|gb|DC941220.1|DC941220
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCA-G                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCT
EST: gi|208351532|gb|DC905709.1|DC905709
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTNCGGANTGTCTGGCTATCCTACCT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCT
EST: gi|208387745|gb|DC937310.1|DC937310
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTNGGTTCANG                         NT-CGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
EST: gi|208380848|gb|DC923330.1|DC923330
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|100388545|gb|BY952147.1|BY952147
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT-CCCAAGAACCACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208366054|gb|DC935843.1|DC935843
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCANG                         NT-CGGANTGTCTGGCTATCCTACCTNGAA-TTTTT-CCCA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCA
EST: gi|208349993|gb|DC910228.1|DC910228
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCT-GGNTCA-G                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
EST: gi|208356156|gb|DC957316.1|DC957316
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208357088|gb|DC930062.1|DC930062
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGANTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTT
EST: gi|208369542|gb|DC936318.1|DC936318
EST:     GTTGTGGTTGCCANCGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCANG                         NT-CGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTNGAAATTTTTTCCCA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCA
EST: gi|37853039|gb|BJ611047.1|BJ611047
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|208393538|gb|DC949700.1|DC949700
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|37845884|gb|BJ603892.1|BJ603892
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|100398767|gb|BY990505.1|BY990505
EST:     TTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTNCA-G                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTAC-TTGAAATTTTTTCCCAAGAACA-CA
genomic: TTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTT-CAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACA
EST: gi|100397478|gb|BY990247.1|BY990247
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAA
EST: gi|100400332|gb|BY954424.1|BY954424
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAGG                         GTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAANNNNNNNCC-AAGAAACA-CA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAA-CAACA
EST: gi|100376700|gb|BY949422.1|BY949422
EST:     GT-GTGGTTGCCCACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGNTCANG                         GNTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAA
genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAA
EST: gi|208386779|gb|DC937171.1|DC937171
EST:     GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTGGGTNCANG                         NT-CGGAGTGTCTGGCTATC-TACCTTGAAATTTTT-CCCAA-AACA
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EST: gi|100408982|gb|BY991838.1|BY991838
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genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAA
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genomic: GTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAA-CA
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genomic: TTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTT-CAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 26 (upstream exon), 28 (downstream exon)
Score: 5

GTTTATGAGAAAGTTGCTGCGGCTTTTAAGTTGGAGAATGATGTTGTGGTTGCCAACGTTAATGCCGATGCTCACAGGGCTCTTGGTTCAAGgtactattga ... aatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAAAGACGGTGAAGATTATGATGGCGGTCGTGATGTGGACGCATTTGTGACT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccctgaagcgtgccattcgactgtggctcatgtacaatacgtttgaatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAAAGACGGTGAAGATTATGATGGCGGTCGTGATGTGGACGCATTTGTGACT
                                         tttgaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttattggacgtttttgagtagaggtcgggcttcaactatgagcaccctgaagcgtgccattcgactgtggctcatgtacaatacgtttgaatttcacagGTTCGGAGTGTCTGGCTATCCTACCTTGAAATTTTTTCCCAAGAACAACAAAGACGGTGAAGATTATGATGGCGGTCGTGATGTGGACGCATTTGTGACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA