Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtttcaagatattgtactctgttcatctgacagctgttttgcagttgcatggaggaatgttgcccattatgtggatattatttgtgtttgtgttagttgtcaattcaactgcctctggtgtgaataaccaccaccttaacatcaaattgtatgtcttcatgtacacttacgtacttttgtggggcttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAGAGGTTGACAGACGAAGCCTACAAGAAAGGAAGCGCTGACAACATTACTT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S174_123V6.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208395056|gb|DC920469.1|DC920469
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208378846|gb|DC927548.1|DC927548
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208396538|gb|DC915850.1|DC915850
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208366958|gb|DC951445.1|DC951445
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208352848|gb|DC917812.1|DC917812
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208397850|gb|DC916171.1|DC916171
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208354531|gb|DC953881.1|DC953881
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208386007|gb|DC956523.1|DC956523
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208364824|gb|DC957875.1|DC957875
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|37852052|gb|BJ610060.1|BJ610060
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208354285|gb|DC957463.1|DC957463
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|162207238|gb|FC383275.1|FC383275
EST:     GGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: GGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|37834276|gb|BJ592288.1|BJ592288
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|208361054|gb|DC946687.1|DC946687
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|37832174|gb|BJ590186.1|BJ590186
EST:     AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: AGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
EST: gi|37826555|gb|BJ584567.1|BJ584567
EST:     CTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG                         GATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG
genomic: CTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAGgttggtttca ... ttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaaattgtatgtcttcatgtacacttacgtacttttgtggggcttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAGAGGTTGACAGACGAAGCCTACAAGAAAGGAAGCGCTGACAACATTACTT
                       cacttac  putative branch site (score: 2)
                                            cttttctac  putative PPT
     attgtat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggtttcaagatattgtactctgttcatctgacagctgttttgcagttgcatggaggaatgttgcccattatgtggatattatttgtgtttgtgttagttgtcaattcaactgcctctggtgtgaataaccaccaccttaacatcaaattgtatgtcttcatgtacacttacgtacttttgtggggcttttctacagGATGCTGTGACAATGGTGCAGAATGTTCAGGATGCTCAAGAGGCTGCCAAGAGGTTGACAGACGAAGCCTACAAGAAAGGAAGCGCTGACAACATTACTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA