1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaaagcccgacttgatcctcgtgtgtggttgaagttgtatgtttcgttttgattggtgatcctcatccaattcgaaaggtgttggtgatcctttctgttctctatggtagtgaatgtggtggcttgtggaagctgagtacgatatttatttgtgctttcagGCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGGAGACAATGGCGACAGCTGAGCACTTTATGGCCACGGATGTCGACTGGGA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S138_36V6.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCGAATGCTCTGTACTGGTCCCCACTTGGGCGGTTCATCATTCTTGCTG GCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGGEST: gi|162190899|gb|FC368097.1|FC368097
genomic: AGCGAATGCTCTGTACTGGTCCCCACTTGGGCGGTTCATCATTCTTGCTGgtaaagcccg ... gtgctttcagGCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGG
EST: GCGAATGCTCTGTACTGGTCCCCACTTGGGCGGTTCATCATTCTTGCTG GCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGGEST: gi|162173039|gb|FC349171.1|FC349171
genomic: GCGAATGCTCTGTACTGGTCCCCACTTGGGCGGTTCATCATTCTTGCTGgtaaagcccg ... gtgctttcagGCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGG
EST: AGCGAATGCTCTGTACTGGTCCCCACTTGGGCGGTTCATCATTCTTGCTG GCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGGEST: gi|162262408|gb|FC439672.1|FC439672
genomic: AGCGAATGCTCTGTACTGGTCCCCACTTGGGCGGTTCATCATTCTTGCTGgtaaagcccg ... gtgctttcagGCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGG
EST: ACTGGTCCCCACTTGGGCGGTTCATCATTCTTGCTG GCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGG
genomic: ACTGGTCCCCACTTGGGCGGTTCATCATTCTTGCTGgtaaagcccg ... gtgctttcagGCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGG
gtagtgaatgtggtggcttgtggaagctgagtacgatatttatttgtgctttcagGCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGGAGACAATGGCGACAGCTGAGCACTTTATGGCCACGGATGTCGACTGGGA
tgctttc CT-rich tract
tacgatatttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaagcccgacttgatcctcgtgtgtggttgaagttgtatgtttcgttttgattggtgatcctcatccaattcgaaaggtgttggtgatcctttctgttctctatggtagtgaatgtggtggcttgtggaagctgagtacgatatttatttgtgctttcagGCCTAAAGGCCTACAATGGTCAGCTTGAGTTCTACAATGTGGATGACCTGGAGACAATGGCGACAGCTGAGCACTTTATGGCCACGGATGTCGACTGGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA