1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ctatacgtcaatcttgagtggacaatcagaagccttatgacgttttctgcacttgcgtgatattaagaggacacttaatttttctgtcattgtgatgtagGAATGCTCAATGGTATGAGCCTGACTGGTGGAAGTTTGGAGAGCAAAAGTCAGA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S101_254V6.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCAGAGTATATGTAGGTTGCATGAAAGCTGGGGTGGTTGTATTTGACCC GAATGCTCAATGGTATGAGCCTGACTGGTGGAAGTTTGGEST: gi|100447407|gb|CJ971706.1|CJ971706
genomic: CCCAGAGTATATGTAGGTTGCATGAAAGCTGGGGTGGTTGTATTTGACCCgtaagtttct ... tgtgatgtagGAATGCTCAATGGTATGAGCCTGACTGGTGGAAGTTTGG
EST: CCCAGAGTATATGTAGGTTGCATGAAAGCTGGGGTGGTTGTATTTGACCC GAATGCTCAATGGTATGAGCCTGACTGGTGGAAGTTTGGAGAGCAAAAGTC
genomic: CCCAGAGTATATGTAGGTTGCATGAAAGCTGGGGTGGTTGTATTTGACCCgtaagtttct ... tgtgatgtagGAATGCTCAATGGTATGAGCCTGACTGGTGGAAGTTTGGAGAGCAAAAGTC
tctgcacttgcgtgatattaagaggacacttaatttttctgtcattgtgatgtagGAATGCTCAATGGTATGAGCCTGACTGGTGGAAGTTTGGAGAGCAAAAGTCAGA
acttaat putative branch site (score: 4)
acttaattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctatacgtcaatcttgagtggacaatcagaagccttatgacgttttctgcacttgcgtgatattaagaggacacttaatttttctgtcattgtgatgtagGAATGCTCAATGGTATGAGCCTGACTGGTGGAAGTTTGGAGAGCAAAAGTCAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA