1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaatccgcggtaactaatgtaatttacttcaggtgctttattttgtagtggttcacgtagatcttttgctctggacggaacaagtcctctcttgcatttgaacaatgttttaatgtatcaaaactatgtcgttgggtgtagGCATTAGCAGATCCTTATTTCAAGGGTTTGGCGAAAGTGGATAGGGAACCTTCTGCTCAACCAATTACGAAAATGGAATTCGAGTTTGAGAGGAGAAGAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S80_71V6.2 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGAAAGAATGCTTGCGTTTGATCCCAGAGACAGGCCTACTGCAGAGGAG GCATTAGCAGATCCTTATTTCAAGGGTTTGGCGAAAGTGGATAGGGAACCTEST: gi|100411039|gb|BY956296.1|BY956296
genomic: TTGAAAGAATGCTTGCGTTTGATCCCAGAGACAGGCCTACTGCAGAGGAGgtaatccgcg ... ttgggtgtagGCATTAGCAGATCCTTATTTCAAGGGTTTGGCGAAAGTGGATAGGGAACCT
EST: TTGAAAGAATGCTTGCGTTTGATCCCAGAGACAGGCCTACTGCAGAGGAG GCATTAGCAGATCCTTATTTCAAGGGTTTGGCGAAAGTGGATAGGGAACCT
genomic: TTGAAAGAATGCTTGCGTTTGATCCCAGAGACAGGCCTACTGCAGAGGAGgtaatccgcg ... ttgggtgtagGCATTAGCAGATCCTTATTTCAAGGGTTTGGCGAAAGTGGATAGGGAACCT
ctctcttgcatttgaacaatgttttaatgtatcaaaactatgtcgttgggtgtagGCATTAGCAGATCCTTATTTCAAGGGTTTGGCGAAAGTGGATAGGGAACCTTCTGCTCAACCAATTACGAAAATGGAATTCGAGTTTGAGAGGAGAAGAA
ttttaat putative branch site (score: 23)
ttttaatgtatcaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatccgcggtaactaatgtaatttacttcaggtgctttattttgtagtggttcacgtagatcttttgctctggacggaacaagtcctctcttgcatttgaacaatgttttaatgtatcaaaactatgtcgttgggtgtagGCATTAGCAGATCCTTATTTCAAGGGTTTGGCGAAAGTGGATAGGGAACCTTCTGCTCAACCAATTACGAAAATGGAATTCGAGTTTGAGAGGAGAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA