Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attttgatagtcggcatggaagttaatacacttggtgaggaccttttcaatttacatacacatttctctgatttttgggttcttgtctcttattatgcagATCGAGCCTCATGACTACATTGCCGAGCTTTATGATGCTGTGATTCGCTTTAACAACATTTTGCTTGGCTTTGACCGCGATGTGTGGTCCTATATCTCAT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_3V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162170404|gb|FC346796.1|FC346796
EST:     CATACACAACCCAG                         ATCGAGCCTCATGACTACATTGCCGAGCTTTATGATGCTGTGATTCGCTTT
genomic: CATACACAACCCAGgtttgattat ... tattatgcagATCGAGCCTCATGACTACATTGCCGAGCTTTATGATGCTGTGATTCGCTTT
EST: gi|162231111|gb|FC406222.1|FC406222
EST:     AAAGCTTTGTCACATCCTTGGGTTTAACCTTCAATCCATACACAACCCAG                         ATCGAGCCTCATGACTACATTGCCGAGCTTTATGATGCTGTGATTCGCTTT
genomic: AAAGCTTTGTCACATCCTTGGGTTTAACCTTCAATCCATACACAACCCAGgtttgattat ... tattatgcagATCGAGCCTCATGACTACATTGCCGAGCTTTATGATGCTGTGATTCGCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcaatttacatacacatttctctgatttttgggttcttgtctcttattatgcagATCGAGCCTCATGACTACATTGCCGAGCTTTATGATGCTGTGATTCGCTTTAACAACATTTTGCTTGGCTTTGACCGCGATGTGTGGTCCTATATCTCAT
                    ctctgat  putative branch site (score: 4)
                                  ttcttgtctcttatt  putative PPT
                                          tcttattat  TA-rich tract