Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgaacgtggcgtctaatttgcttcctctttggatttttgagcacaagcttccaaaatatttggatacttataattgtgttaccttttgtgaattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTAAGAAATAACCCACAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S58_148V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162165067|gb|FC341621.1|FC341621
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|208390218|gb|DC949486.1|DC949486
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|162165066|gb|FC341620.1|FC341620
EST:     CCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|162275529|gb|FC451284.1|FC451284
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGA
EST: gi|67726633|gb|BJ976892.1|BJ976892
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|208374139|gb|DC952570.1|DC952570
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|208362766|gb|DC950566.1|DC950566
EST:     GACCAAATGCGGCTCCCCNTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: GACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|100386503|gb|BY951299.1|BY951299
EST:     AGCTCCTGCNNNNNNNACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTTCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGA
genomic: AGCTCCTGCGGGGGG-ACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGA
EST: gi|162260011|gb|FC435314.1|FC435314
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|100361737|gb|BY947797.1|BY947797
EST:     CTCCTGGCGGGGG-ACCAAATGCGGCTCCCCTTTGAC-TCNTTTC-TCAG                         GGTATGCCTGGGCATG-CTGGAGGNAG-TGGTGCCGGAGCTTTGGACTTC
genomic: CTCCTG-CGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTT-GACCTC-TTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGG-CATGGCTGGAGG-AGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTC
EST: gi|67724052|gb|BJ974311.1|BJ974311
EST:     GGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: GGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|162200955|gb|FC377358.1|FC377358
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|67720762|gb|BJ971021.1|BJ971021
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAGATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
EST: gi|162163441|gb|FC339975.1|FC339975
EST:     CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAG                         GGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA
genomic: CAGCTCCTGCGGGGGGACCAAATGCGGCTCCCCTTGACCTCTTTCCTCAGgtttgtgctt ... aattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcttccaaaatatttggatacttataattgtgttaccttttgtgaattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTAAGAAATAACCCACAG
       aaaatatttggatact  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cgaacgtggcgtctaatttgcttcctctttggatttttgagcacaagcttccaaaatatttggatacttataattgtgttaccttttgtgaattttgtagGGTATGCCTGGCATGGCTGGAGGAGGTGGTGCCGGAGCTTTGGACTTCTTAAGAAATAACCCACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA