1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagaatgagtcgcatccactttgaaccatgtagaaaagtttaagaacagctaagctagttcacacgtacaattatgagctcaagcttaacgattcttgtgtccagGTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGAACTCTTGATGCCTGCATTGAAACGAGCTTCACCCGAGTCTCGTGTGATA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S46_64V6.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGG GTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGAEST: gi|162159315|gb|FC334622.1|FC334622
genomic: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGGgtaagaatga ... ttgtgtccagGTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGA
EST: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGG GTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGAEST: gi|208356778|gb|DC906440.1|DC906440
genomic: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGGgtaagaatga ... ttgtgtccagGTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGA
EST: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGG GTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGAEST: gi|18325412|gb|BJ157408.1|BJ157408
genomic: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGGgtaagaatga ... ttgtgtccagGTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGA
EST: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGG GTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGEST: gi|162189180|gb|FC365987.1|FC365987
genomic: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGGgtaagaatga ... ttgtgtccagGTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGG
EST: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGG GTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGA
genomic: GTGAACAATGCAGGGTTAATGGAAACCGAGCGCACTCAAACTGTGGATGGgtaagaatga ... ttgtgtccagGTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGA
taagctagttcacacgtacaattatgagctcaagcttaacgattcttgtgtccagGTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGAACTCTTGATGCCTGCATTGAAACGAGCTTCACCCGAGTCTCGTGTGATA
gcttaac putative branch site (score: 5)
ttcttgt putative PPT
tacaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagaatgagtcgcatccactttgaaccatgtagaaaagtttaagaacagctaagctagttcacacgtacaattatgagctcaagcttaacgattcttgtgtccagGTTGGAGACAAATTTCGCAGTGAACGTTGCTGGTGTGTATGCTATGACGGAACTCTTGATGCCTGCATTGAAACGAGCTTCACCCGAGTCTCGTGTGATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT