Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggtagtttattatcgttcttcgtattattaagagttgatgtaggagtggtttgtgtaagtgatttagcttacccctggaaattttcgtattttttgcagCCGTGCAGTTGGTTATAGGTTTGGTCCACATTTAAATGAAGTTGTCCCACTCCTTTTTTGCTATTGCAACAATGCATCAGAGAACGATGATGAACTACGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S35_209V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S35_209V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
lower sequence: EFJ37421 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 5
tggtagtttattatcgttcttcgtattattaagagttgatgtaggagtggtttgtgtaagtgatttagcttacccctggaaattttcgtattttttgcagCCGTGCAGTTGGTTATAGGTTTGGTCCACATTTAAATGAAGTTGTCCCACTCCTTTTTTGCTATTGCAACAATGCATCAGAGAACGATGATGAACTACGG
                                |  |   ||    | || ||   |||    | ||   || ||  |    | | |  | || |||| |||||||| || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  |  | || ||  | || || ||||| || || ||||| || || 
--------------------------------gtatgactgagaaaatgtttcaagtat---actttattttccttt----actgtacttttgtttgtagCCGTGCCGTGGGTTATCGTTTTGGGCCACATTTAAATGAAGTAGTTCCACTTCTAATAAGTTACTGTCAGAACGCCTCAGAAAATGACGATGAGCTTCGA

upper sequence: PP1S35_209V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
lower sequence: EFJ33911 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 5
tggtagtttattatcgttcttcgtattattaagagttgatgtaggagtggtttgtgtaagtgatttagcttacccctggaaattttcgtattttttgcagCCGTGCAGTTGGTTATAGGTTTGGTCCACATTTAAATGAAGTTGTCCCACTCCTTTTTTGCTATTGCAACAATGCATCAGAGAACGATGATGAACTACGG
                                |  |   ||    | || ||   |||    | ||   || ||  |    | | |  | || |||| |||||||| || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  |  | || ||  | || || ||||| || || ||||| || || 
--------------------------------gtatgactgagaaaatgtttcaagtat---actttattttccttt----actgtacttttgtttgtagCCGTGCCGTGGGTTATCGTTTTGGGCCACATTTAAATGAAGTAGTTCCACTTCTAATAAGTTACTGTCAAAACGCCTCAGAAAATGACGATGAGCTTCGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtggtttgtgtaagtgatttagcttacccctggaaattttcgtattttttgcagCCGTGCAGTTGGTTATAGGTTTGGTCCACATTTAAATGAAGTTGTCCCACTCCTTTTTTGCTATTGCAACAATGCATCAGAGAACGATGATGAACTACGG
                     agcttac  putative branch site (score: 3)
                                     ttttcgtatttttt  putative PPT
                                  aaattttcgtattttt  TA-rich tract