Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattcaatcactgctattttccttttacttacttactacttaacatcttccgaaataataaccatagaagcatcactgttattaatatgataaggtttggaattgcagGAAATGGATTACCAAGCAGAGGCTCGTAATGGTTCGCGATTTCG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S206_35V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162188340|gb|FC364210.1|FC364210
EST:     AGTGTTGTTGACGAATGGGCTTCAAGTCTTTTCAAA                         GAAATGGATTACCAAGCAGAGGCTCGTAATGGTTCGCGATTTCG
genomic: AGTGTTGTTGACGAATGGGCTTCAAGTCTTTTCAAAgtaaattcaa ... ggaattgcagGAAATGGATTACCAAGCAGAGGCTCGTAATGGTTCGCGATTTCG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aataataaccatagaagcatcactgttattaatatgataaggtttggaattgcagGAAATGGATTACCAAGCAGAGGCTCGTAATGGTTCGCGATTTCG
                       tgttattaatatgata  TA-rich tract