Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcttcaagctcttagctcattcattttcttcttcgtccatccaactgcttaacatcatgccatcccagttatgcggaaataaatacgagttgtagaaacgtttttgggtaactaagcggagagggatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGATGAAGATAATCCTTACGATCGACTTGCCGTCGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S181_117V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162162595|gb|FC338689.1|FC338689
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|37834676|gb|BJ592688.1|BJ592688
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCCACAGCTTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAG
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGT-CCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAG
EST: gi|162198876|gb|FC372903.1|FC372903
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162221408|gb|FC397217.1|FC397217
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACNAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTAC
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTAC
EST: gi|162258112|gb|FC433894.1|FC433894
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162177903|gb|FC355153.1|FC355153
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162233878|gb|FC409728.1|FC409728
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162162594|gb|FC338688.1|FC338688
EST:     ACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTGGTAGA
genomic: ACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162221407|gb|FC397216.1|FC397216
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162157457|gb|FC333520.1|FC333520
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|67697073|gb|BJ957306.1|BJ957306
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162161113|gb|FC336461.1|FC336461
EST:     ACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: ACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162228256|gb|FC404972.1|FC404972
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162198877|gb|FC372904.1|FC372904
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|37829068|gb|BJ587080.1|BJ587080
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCNTAACTNTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162190739|gb|FC367001.1|FC367001
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162254787|gb|FC430764.1|FC430764
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|208352660|gb|DC921394.1|DC921394
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTNTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|37838228|gb|BJ596236.1|BJ596236
EST:     ATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTTTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: ATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|18340613|gb|BJ172641.1|BJ172641
EST:     TGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: TGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162162497|gb|FC339215.1|FC339215
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162163084|gb|FC338474.1|FC338474
EST:     TGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: TGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162205220|gb|FC380902.1|FC380902
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162158626|gb|FC335526.1|FC335526
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
EST: gi|162233877|gb|FC409727.1|FC409727
EST:     GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTG                         GTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA
genomic: GTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 12

CCTATAAGAGTAACTGCAAAGCGATGTTGAAGGCGGTTGATGACAACGTAGTGCTAGAAGTTGATCGTGCTTACAAGGCTGGTGACCCTATCGCTGTGTGgtatgtcttc ... gatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGATGAAGATAATCCTTACGATCGACTTGCCGTCGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaatacgagttgtagaaacgtttttgggtaactaagcggagagggatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGATGAAGATAATCCTTACGATCGACTTGCCGTCGAG
                          gggtaac  putative branch site (score: 12)
                             taactaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtcttcaagctcttagctcattcattttcttcttcgtccatccaactgcttaacatcatgccatcccagttatgcggaaataaatacgagttgtagaaacgtttttgggtaactaagcggagagggatgtgacagGTGCGGTCCACAGCCTAACTCTAAGCTGCTGCTTAACTACGGGTTTGTAGATGAAGATAATCCTTACGATCGACTTGCCGTCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA