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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggctaactttcgttgactggcgtcttcatacagcaattgattgacccagttagggtgaagtagtggaaatgtgttatctctgattctggatttttacattgattttattgtttactggtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S174_123V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208395056|gb|DC920469.1|DC920469
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208378846|gb|DC927548.1|DC927548
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208396538|gb|DC915850.1|DC915850
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208366958|gb|DC951445.1|DC951445
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208352848|gb|DC917812.1|DC917812
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208397850|gb|DC916171.1|DC916171
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208354531|gb|DC953881.1|DC953881
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208386007|gb|DC956523.1|DC956523
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208364824|gb|DC957875.1|DC957875
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|37852052|gb|BJ610060.1|BJ610060
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208354285|gb|DC957463.1|DC957463
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|37834276|gb|BJ592288.1|BJ592288
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208361054|gb|DC946687.1|DC946687
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCGCCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|37832174|gb|BJ590186.1|BJ590186
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttatctctgattctggatttttacattgattttattgtttactggtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGTCTATGGGACGTTGTGTCAAACCAG
                        cattgat  putative branch site (score: 4)
                 atttttacattgattt  TA-rich tract