1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatttgcttaagagtgccgatcacttggagatcgtttcattatgcgtttgattagtttaaattctatctcagagaatgccgacattgtatgggccgtgtttcaaacgtttcaatgcgtatatcgaacagaaaatgcttttctcaggtgtttctggggaacttttcagAATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATTGAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S13_127V6.2 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTCAGCGACCTTGTCATGTTTGCTACTGGGCGAGCTCCAAACACTAAG AATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATTEST: gi|37843971|gb|BJ601979.1|BJ601979
genomic: AAGTCAGCGACCTTGTCATGTTTGCTACTGGGCGAGCTCCAAACACTAAGgtatttgctt ... aacttttcagAATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATT
EST: CGAGCTCCAANCACTAAG AATTTAGGTTTGGAAGAAGTNGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATTEST: gi|162256496|gb|FC432527.1|FC432527
genomic: CGAGCTCCAAACACTAAGgtatttgctt ... aacttttcagAATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATT
EST: AAGTCAGCGACCTTGTCATGTTTGCTACTGGGCGAGCTCCAAACACTAAG AATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATTEST: gi|67697363|gb|BJ957596.1|BJ957596
genomic: AAGTCAGCGACCTTGTCATGTTTGCTACTGGGCGAGCTCCAAACACTAAGgtatttgctt ... aacttttcagAATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATT
EST: AAGTCAGCGACC-TGTCATGTTTGCTACTGGGCGAGCTCCAAACACTAAG AATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATT
genomic: AAGTCAGCGACCTTGTCATGTTTGCTACTGGGCGAGCTCCAAACACTAAGgtatttgctt ... aacttttcagAATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATT
atgcgtatatcgaacagaaaatgcttttctcaggtgtttctggggaacttttcagAATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATTGAG
cttttc CT-rich tract
agaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatttgcttaagagtgccgatcacttggagatcgtttcattatgcgtttgattagtttaaattctatctcagagaatgccgacattgtatgggccgtgtttcaaacgtttcaatgcgtatatcgaacagaaaatgcttttctcaggtgtttctggggaacttttcagAATTTAGGTTTGGAAGAAGTTGGAGTCAAGCTTGACAAAAGAGGAGCCATTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG