1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tttgtcctcagccacctaagttagggttcgccttgtgggtagagccttccagttgtaccatgcttgctaagctattgtttataatgtgaactttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGGACCGGGACTGCATTAGTGGATGGGGAGGGATTGTCCATGTTGT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S130_217V6.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|100359970|gb|BY965963.1|BY965963
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCEST: gi|18341730|gb|BJ173765.1|BJ173765
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTC
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|162206027|gb|FC382812.1|FC382812
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|162220662|gb|FC396874.1|FC396874
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATTTCACAAGCTTTACTGGCGTTTGTGEST: gi|67699719|gb|BJ959952.1|BJ959952
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|162213862|gb|FC389853.1|FC389853
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|162243636|gb|FC421809.1|FC421809
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|37830057|gb|BJ588069.1|BJ588069
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|37821367|gb|BJ579433.1|BJ579433
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|162206028|gb|FC382813.1|FC382813
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|162213861|gb|FC389852.1|FC389852
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGEST: gi|162247132|gb|FC421357.1|FC421357
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
EST: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTG GGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
genomic: CCTCAGAGTCCCTGTATGGTGCTTGCGAGTCTATGTATAAACCTGATTTGgtatgtttag ... ctttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTG
cttccagttgtaccatgcttgctaagctattgtttataatgtgaactttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGGACCGGGACTGCATTAGTGGATGGGGAGGGATTGTCCATGTTGT
ctttttgc CT-rich tract
tattgtttataatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgtcctcagccacctaagttagggttcgccttgtgggtagagccttccagttgtaccatgcttgctaagctattgtttataatgtgaactttttgcagGGTCCAGATGAGCTGTTCGAGGTGATCTCACAAGCTCTACTGGCGTCTGTGGACCGGGACTGCATTAGTGGATGGGGAGGGATTGTCCATGTTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA