Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccgcccttttgacctcgtagtgtttgaaaacgttttaccttttgtttattagaagttaataagttaatggtctcatgtttcctattttgtaatttgtcagGCAGACGGGCGGGAGGTTCAGACTGGCCTTATTTATGCCTGTTTGATGGGCTCTATGATGCTTGGGAGTTCAATTGCAGCATCTTTCCTTTGTGGCCCTT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_30V6.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162240947|gb|FC415226.1|FC415226
EST:     TTGACCTGTCCATTGCTGTGTTTTGGTTGCTGTGGACTCCCACCCTTGTG                         GCAGACGGGCGGGAGGTTCAGACTGGCCTTATTTATGCCTGTTTGATGGGC
genomic: TTGACCTGTCCATTGCTGTGTTTTGGCTGCTGTGGACTCCCACCCTTGTGgttagtttta ... aatttgtcagGCAGACGGGCGGGAGGTTCAGACTGGCCTTATTTATGCCTGTTTGATGGGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattagaagttaataagttaatggtctcatgtttcctattttgtaatttgtcagGCAGACGGGCGGGAGGTTCAGACTGGCCTTATTTATGCCTGTTTGATGGGCTCTATGATGCTTGGGAGTTCAATTGCAGCATCTTTCCTTTGTGGCCCTT
                agttaat  putative branch site (score: 4)
       aagttaataagttaat  TA-rich tract