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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctgaaagctggtgaggagattgaatttgatttctttgatgctggtgtttgtgtagttttatcagctttcctaatggtgctttcccttttctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGATGAAGCTAAAAAGCTAGTTGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S90_139V6.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162163706|gb|FC339785.1|FC339785
EST:     GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
EST: gi|162209803|gb|FC385737.1|FC385737
EST:     GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
EST: gi|162279385|gb|FC455932.1|FC455932
EST:     GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
EST: gi|67698886|gb|BJ959119.1|BJ959119
EST:     GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
EST: gi|100378011|gb|BY949635.1|BY949635
EST:     GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCNAGACCTTTTANTTGTG-TAACGTCAGTGA
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTA-TTGTGGTAACGTCAGTGA
EST: gi|100361031|gb|BY946879.1|BY946879
EST:     GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCCAGACCTTTTATTGTG-TAACGTCAGTGAT
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
EST: gi|100378215|gb|BY949738.1|BY949738
EST:     -ACGGAGATATTATTTATATTGACGTCACAGTCTGGGTAAAT                         GGGTACCATGGGGACACTTTCCA-GAACTTTTNNAT-GTGGTA-CGTCAGT
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTT-CCAAGACCTTTT--ATTGTGGTAACGTCAGT
EST: gi|37828378|gb|BJ586390.1|BJ586390
EST:     GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
EST: gi|208381832|gb|DC923761.1|DC923761
EST:     GGACGGAGATA-TATT-ATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
genomic: GGACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
EST: gi|37848383|gb|BJ606391.1|BJ606391
EST:     GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAAT                         GGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT
genomic: GACGGAGATATTATTAATATTGACGTCACAGTCTGGTTAAATgtacgtgcct ... ctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtttgtgtagttttatcagctttcctaatggtgctttcccttttctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGATGAAGCTAAAAAGCTAGTTGAG
                       tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                tgctttcccttttcta  putative PPT
        tagttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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cctgaaagctggtgaggagattgaatttgatttctttgatgctggtgtttgtgtagttttatcagctttcctaatggtgctttcccttttctatgactagGGTTACCATGGGGACACTTCCAAGACCTTTTATTGTGGTAACGTCAGTGATGAAGCTAAAAAGCTAGTTGAG

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