Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagcattcatgattaatagcagtactaagtaacatttttaatttcttgaaaaatactgttgacgcaatggtattgactgattaagtttattgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTGGCTGCGGATCCTCATTCTCCATCAAGGCTCATCCGTTCTAAGCATGCTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S79_105V6.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100439315|gb|BY980202.1|BY980202
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|208383362|gb|DC907537.1|DC907537
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|100381811|gb|BY950184.1|BY950184
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCNACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTTCTCA-GTACGTACAAATGTCATGCCT
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATT-CTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCT
EST: gi|37842479|gb|BJ600487.1|BJ600487
EST:     CGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: CGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|162256292|gb|FC432198.1|FC432198
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|67507649|gb|BJ940529.1|BJ940529
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|162259819|gb|FC435954.1|FC435954
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|208367986|gb|DC955393.1|DC955393
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|100440199|gb|BY980445.1|BY980445
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTTAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACCGTACAA-TGTCATGCCT
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTAC-GTACAAATGTCATGCCT
EST: gi|100364138|gb|BY966734.1|BY966734
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGGATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|162276087|gb|FC452363.1|FC452363
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|67577930|gb|BJ950097.1|BJ950097
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|100427489|gb|BY977523.1|BY977523
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|208367694|gb|DC955025.1|DC955025
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|100374683|gb|BY949018.1|BY949018
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTNGGCTAA-GAGCATGGTGGCATTTCTCA-GTACGTACAAATGTCATGCC
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTT-GGCTAAAGAGCATGGTGGCATT-CTCAAGTACGTACAAATGTCATGCC
EST: gi|100387000|gb|BY951399.1|BY951399
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|100448979|gb|CJ973278.1|CJ973278
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|100400631|gb|BY972916.1|BY972916
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCAT
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCAT
EST: gi|162276086|gb|FC452362.1|FC452362
EST:     TTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: TTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
EST: gi|208393451|gb|DC942521.1|DC942521
EST:     ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAG                         TTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG
genomic: ATTTCTCCTTTGATGATGTCAACTATGGAATTTCGAATCGTATTTCAAAGgtatcatttt ... tgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaaaaatactgttgacgcaatggtattgactgattaagtttattgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTGGCTGCGGATCCTCATTCTCCATCAAGGCTCATCCGTTCTAAGCATGCTG
                                tgattaagtttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gagcattcatgattaatagcagtactaagtaacatttttaatttcttgaaaaatactgttgacgcaatggtattgactgattaagtttattgtgcgacagTTGGCTAAAGAGCATGGTGGCATTCTCAAGTACGTACAAATGTCATGCCTGGCTGCGGATCCTCATTCTCCATCAAGGCTCATCCGTTCTAAGCATGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG