1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaattactgattcgtctcatataatttatgattctatttttggcggcgtttatccaatgggattgcggaggggaagtgcttctggtcgtttatcagggtttgaattttatttcaccgaagttctcttactgtttctgggacaagattaaaccgaattttaactttgttgtgcagCATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCGTCAGCTCTTACTTCCTTGAAGAAGCATGCTGATAAATCAGCTGCAGCTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S74_21V6.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTCCTTTACCTTTGCGATCGAACCAACACCTTCTCTGCATCTAGAAAG CATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCGEST: gi|100439772|gb|BY962100.1|BY962100
genomic: GCTTCCTTTACCTTTGCGATCGAACCAACACCTTCTCTGCATCTAGAAAGgtaattactg ... tgttgtgcagCATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCG
EST: GCTTCCTTTACCTTTGCGATCGAACCAACACCTTCTCTGCATCTAGAAAG CATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCGEST: gi|100444072|gb|BY963970.1|BY963970
genomic: GCTTCCTTTACCTTTGCGATCGAACCAACACCTTCTCTGCATCTAGAAAGgtaattactg ... tgttgtgcagCATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCG
EST: GCTTCCTTTACCTTTGCGATCGAACCAACACCTTCTCTGCATCTAGAAAG CATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCG
genomic: GCTTCCTTTACCTTTGCGATCGAACCAACACCTTCTCTGCATCTAGAAAGgtaattactg ... tgttgtgcagCATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCG
gttctcttactgtttctgggacaagattaaaccgaattttaactttgttgtgcagCATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCGTCAGCTCTTACTTCCTTGAAGAAGCATGCTGATAAATCAGCTGCAGCTG
ttttaac putative branch site (score: 1)
ctttgtt CT-rich tract
aattttaactttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattactgattcgtctcatataatttatgattctatttttggcggcgtttatccaatgggattgcggaggggaagtgcttctggtcgtttatcagggtttgaattttatttcaccgaagttctcttactgtttctgggacaagattaaaccgaattttaactttgttgtgcagCATTATAGCAGGGACTTGTTTCTATTTTTGTATCTCTTGTTGGTTCTAGCGTCAGCTCTTACTTCCTTGAAGAAGCATGCTGATAAATCAGCTGCAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
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