Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccatcaacacgtcaattagcctcgtatttgaagttttaatgcagtttacacattttgctatttaactggccatgtttttgggtgtcgctaacttcgctgtgtatttgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCTTAGCTGAAATGTGAGGATTTAGTGAACTCCTATTGTAGAGTTTTTGAGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S70_133V6.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67722861|gb|BJ973120.1|BJ973120
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|15261917|gb|BI437227.1|BI437227
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|162277024|gb|FC453746.1|FC453746
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|15326959|gb|BI487404.1|BI487404
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|208352568|gb|DC918277.1|DC918277
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCNTGATTACGGCGATATGTGGAATTNTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|37853120|gb|BJ611128.1|BJ611128
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|37836789|gb|BJ594797.1|BJ594797
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|67721341|gb|BJ971600.1|BJ971600
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|67694492|gb|BJ954725.1|BJ954725
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|67718998|gb|BJ969257.1|BJ969257
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAA
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAA
EST: gi|162228172|gb|FC404888.1|FC404888
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|37826457|gb|BJ584469.1|BJ584469
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|37844416|gb|BJ602424.1|BJ602424
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|162225288|gb|FC402054.1|FC402054
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|162228171|gb|FC404887.1|FC404887
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|162238040|gb|FC418676.1|FC418676
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|162266235|gb|FC442167.1|FC442167
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|162277025|gb|FC453747.1|FC453747
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|208372537|gb|DC940798.1|DC940798
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGGTATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCC
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCC
EST: gi|208354370|gb|DC953804.1|DC953804
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGGTATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|67727335|gb|BJ977594.1|BJ977594
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|162266236|gb|FC442168.1|FC442168
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
EST: gi|162225287|gb|FC402053.1|FC402053
EST:     AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAG                         TCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT
genomic: AGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 35

GTACATTCAGAGCACCTGTGCAACTTCTGGAGAGGGTTTGTACGAGGGTCTGGATTGGTTGTCAAGCAACATTGCCAACAAGgtaccatcaa ... tgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCTTAGCTGAAATGTGAGGATTTAGTGAACTCCTATTGTAGAGTTTTTGAGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaactggccatgtttttgggtgtcgctaacttcgctgtgtatttgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCTTAGCTGAAATGTGAGGATTTAGTGAACTCCTATTGTAGAGTTTTTGAGA
                         cgctaac  putative branch site (score: 35)
           atgttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaccatcaacacgtcaattagcctcgtatttgaagttttaatgcagtttacacattttgctatttaactggccatgtttttgggtgtcgctaacttcgctgtgtatttgttgtgcagTCTTGATTACGGCGATATGTGGAATTCTATGCTCCTAAGTGAGCTGTCCCTTAGCTGAAATGTGAGGATTTAGTGAACTCCTATTGTAGAGTTTTTGAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT