1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ggactaatggttataattattctttttggggtaagtgaatttgtgtagatgctatccactcacattttaccctttttgtgacaccttctgttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACAGCTTTAGGAGCAGCTTATGCTGCTGGTCTTGCTGTGGGAGTATGGACCA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S64_199V6.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAG GCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACAEST: gi|37827554|gb|BJ585566.1|BJ585566
genomic: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAGgttagttcat ... ttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACA
EST: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAG GCTGATTTACTTGGAAGTCCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACEST: gi|162197250|gb|FC374201.1|FC374201
genomic: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAGgttagttcat ... ttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGT-CCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTAC
EST: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAG GCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACAEST: gi|162196069|gb|FC372721.1|FC372721
genomic: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAGgttagttcat ... ttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACA
EST: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAG GCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACAEST: gi|162170942|gb|FC346633.1|FC346633
genomic: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAGgttagttcat ... ttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACA
EST: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAG GCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACAEST: gi|100425541|gb|BY958647.1|BY958647
genomic: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAGgttagttcat ... ttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACA
EST: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAG GCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACA
genomic: TGAGAGTGGATGGTGGTGCAACTGTTAATAATTTGCTTATGCAGCTTCAGgttagttcat ... ttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACA
tagatgctatccactcacattttaccctttttgtgacaccttctgttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACAGCTTTAGGAGCAGCTTATGCTGCTGGTCTTGCTGTGGGAGTATGGACCA
cactcac putative branch site (score: 2)
ccttctgtt putative PPT
acatttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggactaatggttataattattctttttggggtaagtgaatttgtgtagatgctatccactcacattttaccctttttgtgacaccttctgttgcctgcagGCTGATTTACTTGGAAGTCCAGTGGTTAGACCAGTTGACATTGAGACTACAGCTTTAGGAGCAGCTTATGCTGCTGGTCTTGCTGTGGGAGTATGGACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT