1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tcttttttagtttgttctaaagcttctctgactggactgttggtctatgcacatcctcaactggagactacatctgaaagtttaagtggtccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGTACAACCCAAACGCTACTGAGGAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S55_261V6.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCAATCANCANTAAGGGTTATNAGACANTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|18338516|gb|BJ170540.1|BJ170540
genomic: CCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|18335149|gb|BJ167167.1|BJ167167
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|162235667|gb|FC411399.1|FC411399
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|18341663|gb|BJ173698.1|BJ173698
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|162205459|gb|FC381557.1|FC381557
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|162158820|gb|FC335343.1|FC335343
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|67725124|gb|BJ975383.1|BJ975383
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|162205460|gb|FC381558.1|FC381558
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGEST: gi|162235668|gb|FC411400.1|FC411400
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAEST: gi|162153135|gb|FC329541.1|FC329541
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACA
EST: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTT GTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
genomic: TAGAGTCGACGCCAATCAACACTAAGGGTTATGAGACACTACTTAGACTTgtgaggcatc ... ccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATG
tatgcacatcctcaactggagactacatctgaaagtttaagtggtccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGTACAACCCAAACGCTACTGAGGAG
aaagtttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcttttttagtttgttctaaagcttctctgactggactgttggtctatgcacatcctcaactggagactacatctgaaagtttaagtggtccatgaacagGTGGAGAACACAGAAGGTGATAGCTTTGACCTATACTATGGGCTGTTCATGTACAACCCAAACGCTACTGAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG